В начале XX в. в монастыре имелись три каменных храма: Троицкий собор (1838 г., возведен на средства грузинского царевича Ираклия и царицы Тамары) с приделами: южный – во имя Симеона Персидского (ктиторский придел С.Л. Лепешкина) и преподобного Зосимы Соловецкого (южный придел с гробницей схимонаха Зосимы Верховского) и северный придел – во имя преподобной Марии Египетской; надвратный храм во имя Божией Матери Одигитрии (1852 г., был построен на том месте, где крестьяне в 1812 г. прятали икону Смоленской Божией Матери Одигитрии; трапезная церковь во имя Рождества Иоанна Предтечи. При монастыре работали: странноприимный дом, богадельня, больница для сестер обители, золотошвейная, живописная, башмачная мастерские. По генеральному плану обители 1915 г. числилось жилых и нежилых строений и пристроек 84. Ее общие земельные владения в 1903 г. исчислялись 618 десятинами земли, основу которой составляли земли дворян Верховских. В 1861 г. из Казенной дачи при деревне Карцево в пользу Троице-Одигитриевского монастыря был отведен участок земли в числе 156 десятин 1900 кв. сажень.
В 1917 г. Троице-Одигитриеву Зосимову пустынь как самостоятельный монастырь упразднили, но насельниц из монастырских строений не выселили. Фактически монастырь стал существовать неофициально. В этот период исключительно тяжелая доля выпала игуменье Афанасии (Лепешкиной). Благодаря ее уму, сообразительности, находчивости насельницы сумели оставаться в монастыре еще почти восемь лет. По инициативе игуменьи Афанасии и по ходатайству насельниц упраздненного монастыря при Кооперативном отделе Московского земельного комитета была образована сельскохозяйственная трудовая артель «Зосимова пустынь» численностью 150–200 человек. В 1926 г. в упраздненном монастыре жили 179 монахинь. В 1920-е гг. в монастыре жили (ежегодно) до 200 сестер, в том числе 60 беспомощных старух. Даже в эти суровые 1920-е гг. богослужения в монастырском храме продолжались, монашеские служения оставались на высоте. Тяжелейший труд официального управления артелью и управление фактически тайным монастырем выполняла игуменья Афанасия. Благодаря ее титаническому труду и мудрости к 1925–1926 гг. монастырь фактически оправился после потрясений 1917 г. Тем не менее он в 1929 г. все-таки перестал существовать. Еще раньше, в 1928 г., решением Мособлсовета сельскохозяйственная трудовая артель «Зосимова пустынь» была расформирована, все 166 насельниц к тому времени были лишены избирательных прав. После роспуска артели игуменья Афанасия и ее верная послушница Евдокия Бучинева жили в Алабино; в 1931 г. их арестовали и сослали на пять лет в Казахстан. Прибыв в Казахстан (а направлены они были туда этапом), они через несколько дней скончались. (По другим сведениям, они погибли в ГУЛАГе.) Некоторым насельницам удалось скрыться у крестьян в соседних деревнях, при этом они служили в храме села Руднево, вот почему многие из них вскоре также были сосланы. Единицы из них после ссылки все-таки вернулись в эти места.
После полного закрытия монастыря и роспуска сельскохозяйственной артели «Зосимова пустынь» в монастырских строениях устроили инвалидный дом, функционировавший здесь с 1928 по 1967 г. При этом монастырский храм продолжал действовать как приходской. Но в 1932–1933 гг. по решению местного совхозного начальства и при поддержке районных властей Троицкий собор закрыли; в 1933 г. в нем открыли клуб. Верующие люди в 1932 г. перезахоронили останки старца Зосимы на кладбище. Во время Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в бывшем монастыре размещался военный госпиталь. С 1967 г. на территории монастыря действовал пионерский лагерь «Бекасово» для детей сотрудников Московского метрополитена; тогда монастырскую колокольню использовали как водонапорную башню.
Конец ХХ в. ознаменовался существенным улучшением отношений государства и Русской православной церкви. В 1990-е гг. праправнучатая племянница старца Зосимы – Людмила Александровна Верховская стала инициатором возвращения Троице-Одигидриевой Зосимовой пустыни Русской православной церкви. Объединенными усилиями многих и разных людей начали кампанию возрождения женской обители. В 1999 г. в монастырских постройках стало действовать подворье Московского Новодевичьего монастыря. В 2000 г. Троице-Одигитриева Зосимова пустынь возродилась (подворье было преобразовано в пустынь, т. е. в небольшой самостоятельный монастырь).
В 1999 г. старец Зосима был канонизирован: причислен к лику местночтимых святых. Последняя игуменья обители матушка Афанасия также была канонизирована, она почитается как преподобноисповедница. Инициатор возрождения обители Л.А. Верховская стала насельницей возрожденной пустыни.