Подворье развивалось и стало называться Богоявленским Троице-Сергиевым монастырем. По названию монастыря рядом находившиеся ворота, башня и мост через реку Неглинная со временем стали называться Троицкими. Подворье было упразднено во времена Екатерины II Алексеевны, которая задумала большую перестройку Кремля с устроением там нового кремлевского дворца. Для осуществления этого грандиозного проекта даже была разобрана часть старинной кремлевской стены со стороны набережной. Если во время прогулки по кремлевской набережной обратить внимание на стену, то и сейчас можно определить, в каком именно месте укрепление было разобрано, а потом снова возведено.
Еще задолго до событий XVIII века у лавры в Москве появилось второе подворье – на Самотеке. В 1609 году это место было пожертвовано лавре царем Василием IV Иоанновичем Шуйским в благодарность и память о героическом противостоянии обители польско-литовским войскам. Но развиваться оно стало уже в Екатерининское время, благодаря одному из самых любимых и влиятельных священнослужителей при дворе императрицы, митрополиту Платону (Левшину).
В 60-е годы XVIII века тогда еще архимандрит лавры Платон выстроил на подворье двухэтажные каменные палаты по проекту архитектора Василия Семеновича Яковлева, с которым потом возводил пустынь Вифанию. В палатах владыка устроил домовую церковь
Петра и Павла.Традицию устройства домовых храмов
можно проследить с раннехристианских времен. Она возникла в условиях гонений на христиан со стороны римских императоров-язычников, когда общины не имели возможности открыто строить церковные здания. По мнению исследователей, первые тайные домовые базилики или специально приспособленные для совершения литургии комнаты христиане создавали в частных домах знатных римлян, принадлежавших к христианской вере. Один церковный историк писал, что позже, в Византии, каждому было позволено иметь у себя домовую церковь.У нас с древности существовала традиция устраивать частные или домовые храмы в княжеских дворцах. Об этом писал в своих работах известный просветитель XIX века, историк и богослов, академик Императорской Санкт-Петербургской академии наук митрополит Московский и Коломенский Макарий (Булгаков, 1816–1882). Из летописных источников известно, что в 1146 году во дворце князя Игоря (в крещении Георгия) в каком-то селении была церковь Святого Георгия, а во дворце князя Святослава в Путивле – домовый храм Вознесения Господня.
Кроме княжеских домовых храмов в летописях упоминаются и другие частные домовые церкви. Например, в Киево-Печерском патерике, в рассказе об одном из первых русских иконописцев преподобном Алипии Печерском, жившем в конце XI – начале XII веков, рассказывается, как один христолюбивый киевлянин построил у себя домовую церковь и заказал для нее преподобному семь больших икон для иконостаса.
В дальнейшем домовые храмы устраивались при усадьбах богатых владельцев, а в городских условиях при частных владениях. В 1775 году в Москве был составлен реестр домовых церквей города, в котором значились 57 домовых храмов. Такое значительное для Москвы количество домовых храмов являлось следствием особого уклада жизни москвичей, их набожности и свидетельством того, что религия и церковь всегда занимали главенствующее место в жизни русского человека. Дóма обычно служили накануне великих праздников всенощные бдения, а в день праздника – водосвятные молебны, а иногда и ранние литургии, для чего специально нанимали священников. Служили также и панихиды по умершим. С XIX века домовые храмы стали выделять архитектурно, это связано с развитием новых типов общественных сооружений.
Конец XVIII века можно назвать расцветом милосердия в России. Оно развивалось на основании принципов благотворительности, заложенных монашествующими подвижниками Древней Руси – преподобными Сергием Радонежским, Пафнутием Боровским, Иосифом Волоцким и другими. Во многом этому процессу в начале XIX века способствовала обширная благотворительная деятельность супруги императора Павла I, императрицы Марии Федоровны (1759–1828), матери Александра I и Николая I. По всей стране стали строиться общественные сооружения. Особенно ярко этот процесс проявился в Москве, которая в то время восстанавливалась после пожара 1812 года. Появлявшиеся в ней здания нового типа изменили облик древней столицы, а также усилили роль домового храма в жизни города. Москва из усадебной превращалась в город, где главенствующие позиции, даже во внешнем облике, стало занимать социальное служение
.