К 12 часам 15 минутам правый борт «Варяга» уже был истерзан, и корабль, пытаясь выйти из‑под огня и едва управляемый работой винтов, на время дал задний ход и стал медленно разворачиваться. Затем случилось непредвиденное. Вибрируя корпусом, с металлическим скрежетом крейсер вполз на каменистую отмель. Это была кульминация битвы, когда неподвижный исполин был засыпан градом лиддита (взрывное вещество, начиняемое в снаряды). Казалось, по палубе пронесся огненный смерч! «Кореец» прикрыл флагмана, дав несколько залпов и скрыв его в густом черно–желтом дыму от выстрелов тех самых, так не полюбившихся историкам, восьмидюймовых орудий. Японцы, похоже, не догадывались о бедственном положении «Варяга», но ситуацию, ставшую критической и безнадежной, изменить уже ничто не могло. Избиваемый снарядами, с горящей кормой, «Варяг» был обречен! И тут случилось то, что многие посчитали чудом. То ли от ударов снарядами, то ли от работы винтов, но крейсер неожиданно сошел на глубокую воду, имея в обшивке днища внушительную пробоину. (Кстати, факт посадки на мель, упущенный большинством историков и не отображенный в рапорте Руднева, подтверждают и поздние японские документы.) Развернувшись и подставив левый, неповрежденный борт, русский крейсер огрызнулся огнем кормовых плутонгов (батареи из нескольких орудий, стреляющих по одной цели) и начал отход. Руднев посчитал, что именно в этот момент «Асаме» дали сдачи. Сам «Варяг» уже начал садиться кормой и получил крен на правый борт. С итальянского стационера «Эльба» сделали снимок, ставший впоследствии знаменитым, — подбитый и садящийся в море крейсер волочит за собой жирный, извилистый шлейф густого дыма…
Прорыв, как и предполагалось, не получился. В 12 часов 45 минут, практически через час после боя, японцы отстали, а точнее, они почти не преследовали доблестный русский корабль, и «Варяг» стрельбу задробил (окончил). Примечателен интересный факт погони броненосного крейсера «Асама» за русскими, о чем упоминает в своей работе Виктор Катаев. Восьмидюймовые снаряды японского корабля накрывали «Варяг» и у места якорной стоянки, что послужило причиной объявления боевой тревоги оставшимися в Чемульпо кораблями союзной эскадры. Лишь после этого, следуя приказанию Уриу, «Асама» ретировался и «Варяг» смог занять то самое место на рейде, с которого совсем недавно ушел в бой. Позднее перед начальством отчитались: 39 погибших и почти 100 раненых, из которых 70 человек тяжело. Все дальнейшее происходит почти сразу после боя — с момента постановки израненного крейсера на якорь в том же месте, откуда он час назад начал свой путь в легенду.
Как уже отмечалось, писатель А. Н. Степанов в романе «Порт–Артур» приводит версию сговора коммодора Бейли с японцами. Ему, дескать, заплатили хорошие комиссионные, и раненому Рудневу он настоятельно порекомендовал корабль не взрывать, а топить открытием кингстонов (специальных кранов, впускающих забортную воду внутрь корабля). Однако в самом рапорте, без литературных домыслов, В. Ф. Руднев прямо указывает. «Пришлось остановиться на потоплении крейсера вследствие заявления иностранных командиров не взрывать корабль ввиду крайней опасности для них и тем более, что крейсер уже начал погружаться в воду». Стоит добавить, что артиллеристы японской эскадры действительно «успешно реализовали свое огневое преимущество», — по меркам того времени от крейсера толку было уже мало. Русский капитан подчеркивает в том же первом донесении: «Не желая дать неприятелю возможность одержать победу над полуразрушенным крейсером…» Верный долгу и не желая оказаться неблагодарным в отношении командиров стационеров, чьи санитарные команды без устали работали на палубе, перевязывая раненых русских моряков и свозя их на свои суда, Руднев пошел навстречу пожеланиям офицеров. «Кореец» взорвали. «Варяг» затопили, открыв кингстоны и клинкеты.
Последнее время многие историки вменяют это Рудневу в вину, утверждая, что он «подарил» крейсер японцам. Во время отлива погибший герой больше чем на четыре метра «вырастал» из воды, и японские специалисты без труда ввели его в строй своего флота, поменяв, к слову, детали котлов, артиллерию и изменив часть внутренних помещений. В частности, корабельные гальюны (уборные) перестроили под низкорослых, тщедушных японцев. Получив новое имя «Сойя» и став учебным, крейсер ходил под японским флагом до момента его покупки Россией в 1916 году.