После смерти Брюса, в конце августа, его вещи и книги были приняты, уложены и до отправки в Петербург перевезены в пустой дом князя Юрия Долгорукова, близ Мясницких ворот. Но только в декабре 1735 года библиотека и коллекция были перевезены в Петербург, в Академию наук.
В легендах книги Брюса предстают как часть и источник магической силы знаменитого колдуна, исчезнувшей вместе с ним. Известие о том, что Брюс завещал после своей смерти коллекции и библиотеку Академии наук основано на том, что незадолго до своей смерти, он отослал два ящика инструментов в Академию наук, а в письмах к друзьям выражал готовность передать свою библиотеку и коллекции в руки ученых. Письменного завещания Брюс не оставил, скорее всего, потому, что просто не успел, так как умер внезапно.
Попробуем разобраться, в чем было научное значение деятельности Брюса, и имел ли он какое-нибудь отношение к магии и магическим наукам – астрологии, алхимии, геомантики и т. д. Помимо астрономических наблюдений и исследований, связанных с артиллерией, Яков Вилимович занимался составлением подробной географии Российской империи с присовокуплением ландкарт; вступил, по приказанию Петра, в переписку с великим философом Г.В. Лейбницем для исследования происхождения российского народа. Помимо Навигацкой школы, он создал первые артиллерийские инженерные школы в Москве и С. Петербурге. По поручению Петра, Брюс также с 1706 года надзирал за типографским делом в России. В 1708 году он подготовил к изданию первую русскую книгу гражданской печати «Геометриа славенски землемерие», составил первый русско-голландский словарь, перевел «Фортификацию» Кугорна. Брюс собирал картины, коллекции древних монет и редких минералов, гербарии.
Сам Брюс был автором нескольких книг. Он написал «Краткую Геометрию» для Петра, а в соавторстве с Гаврилом Бужинским и И.В. Паузе – «Юности честное зерцало» (первое издание вышло в свет в 1717 году). Именно Брюс первым в России понял значение трудов И. Ньютона и написал первую в России работу о законе всемирного тяготения – «Теория движения планет». Ее нашел в библиотеке Кембриджского университета современный канадский профессор В. Босс. Обнаружилась она и в библиотеке Российской Академии наук в Санкт-Петербурге. Этот трактат, как отмечает канадский ученый, первая работа русского ученого о законе всемирного тяготения.
«Юности честное зерцало» написано Брюсом в соавторстве с Гаврилом Бужинским и И.В. Паузе, первое издание вышло в свет в 1717 году
В известных нам письмах Брюса описываются самые разнообразные научные опыты и наблюдения, которые либо он сам проводил, либо советовал ставить другим. В частности, Брюс слал Петру, нередко по его просьбе, описания различных инструментов с чертежами. Брюс делал также ряд переводов иностранных книг, имевших, как правило, практическое значение, на русский язык.
Всего в библиотеке Брюса насчитывалось 1579 томов (1418 названий) отдельно описанных печатных книг. Кроме этого, были еще пачки и свертки с книгами, подробная опись которых не была сделана. В библиотеке также имелись 52 рукописи на многих европейских языках, а также 133 карты и большое количество планов городов и различных математических чертежей. Не исключено, что часть неописанных бумаг представляли собой рукописи самого Брюса.
В библиотеке Брюса были книги по двадцати научным дисциплинам на четырнадцати языках. Поистине это был ученый-энциклопедист, занимавшийся не только переводами, но и собственными научными исследованиями в различных областях знания.
При этом все прижизненные свидетельства говорят, что Яков Вилимович был человеком с сугубо рациональным мышлением, нисколько не склонным к мистике. Он обладал скептическим, а не мистическим складом ума. По свидетельству современников, Брюс не верил ничему сверхъестественному. Но по иронии судьбы как раз само имя Брюса впоследствии стало ассоциироваться с чем-то таинственным и сверхъестественным.
Например, в записках Андрея Нартова, знаменитого русского механика, запечатлено посещение Петром и Брюсом Новгородского Софийского собора. Стоя с царем возле святых рак с мощами, Брюс рассказывал о причинах нетленности лежащих в них тел. «Но как Брюс относил сие к климату, к свойству земли, в которой прежде погребены были, к бальзамированию телес и к воздержанной жизни и сухоедению или лощению, то Петр Великий, приступя наконец к мощам святого Никиты, архиепископа Новгородского, открыл их, поднял их из раки, посадил, развел руки, паки сложив их, положил, потом спросил: «Что скажешь, Яков Данилович? От чего сие происходит, что сгибы костей так движутся, яко бы у живого, и не разрушаются и что вид лица, аки бы недавно скончавшегося?» Граф Брюс, увидя чудо сие, весьма дивился и в изумлении отвечал: «Не знаю сего, а ведаю то, что бог всемогущ и премудр». Петр же на это ответствовал: «Сему-то верю и я и вижу, что светские науки далеко еще отстают от таинственного познания величества творца, которого молю, да вразумит меня»».
Софийский собор в Новгороде