Храм возник в XVII в. рядом с Государевым дровяным щепным двором, на котором делали срубы для различных дворовых зданий. Этот двор был расположен на высоком берегу Москвы-реки, по которой пригонялся плотами строевой лес и дрова. Первую деревянную Никольскую церковь построили здесь в 1649 г., затем она перестраивалась в 1669 г. Современный храм был освящен 22 апреля 1686 г. Типичен для посадских храмов конца XVII века. Главный объем – кубический, с пятью несветовыми куполами. С запада пристроили трапезную, по ширине равную храму. Основной четверик украшал ряд декоративных кокошников, идущих по верху стены и отделенных красивым сложным карнизом. Окна на южной и северной стенах располагались в два света и имели наличники, завершенные высокими разорванными фронтонами. Наличники были настолько большие, что верхние как бы накрывали собой завершения нижних, которые казались незаконченными. В трапезной существовал придел преподобного Феодосия Великого (Феодосия киновиарха), после 1812 г. переосвященный во имя апостолов Петра и Павла. В начале 1773 г. в той же трапезной на средства титулярной советницы Анна Ивановой создали придел праведных Симеона и Анны.
В начале XIX века трапезную расширили на юг, в ней стало больше места для придела праведных Симеона и Анны. Тогда же храм получил изящную трехъярусную колокольню со шпилем. Стена южного придела и колокольня были построены в стиле классицизма, тактично сочетавшиеся с древнерусской архитектурой храма. Церковная территория находилась на небольшом холме. Ее окружали два переулка, спускающиеся с холма и сходившиеся около северо-восточной части церковного участка. В 1810-х гг. всю территорию храма обнесли новой оградой. На углу между переулками выстроили корпус, который располагался ниже самого храма и выполнял роль подпорной стенки. В нем разместили кладовую. Перестройка храма 1888 г., хотя проводилась только в трапезной, затронула все здание. Придел праведных Симеона и Анны перенесли в новую пристройку, сделанную с юга. Придел закрыл часть южной стены основного храма, а его граненая апсида оказалась на линии церковной ограды. Интерьер, несмотря на перестройки XIX века, почти не изменился с древних времен. Внутри был прекрасный иконостас конца XVII века в стиле московского барокко, с прорезными колоннами и чудесными резными Царскими вратами. В храме находилось много икон конца XVII–XVIII века. Настенная живопись относилась ко второй половине XIX в.
В 1936 г. храм закрыли. Судьба его святынь неизвестна. С 1932 г. его стали разбирать, но не доломали, а переделали до неузнаваемости в безликое заводское здание. Однако основной костяк храма сохранился. Это доказали проведенные в 1979 г. реставраторами пробные расчистки. В 1970-е – 1980-е гг. здесь помещался цех № 2 производственного объединения «Художественная гравюра». С 1991 г. началась реставрация церковного здания. В 1993 г. была зарегистрирована община церкви святителя Николая в Щепах. Первое помещение, которое получили члены общины, была церковная кладовая. Во время ремонта потолка в кладовой обрели часть доски Распятия из храма. В ноябре 1999 г. начались работы по восстановлению церковного здания. По проекту архитектора С.А. Генералова работы продолжались по ноябрь 2003 г., когда обновленный храм был освящен.
Николая, святителя на Ямах церковь
(уничтожена).Еще в конце XVI столетия в местности недалеко от реки Яузы, в окрестностях современной Николоямской улицы поселились ямщики, занимавшиеся перевозками из Москвы в село Рогожь (впоследствии – уездный город Богородск, ныне – Ногинск). Словом «ям», заимствованным у монголов, назывались станции на трактах, где проходила смена лошадей и существовали постоялые дворы, где останавливались проезжие. Поселение ямщиков получило название Рогожской слободы.
Первые упоминания о церкви в этой местости относятся к 1642 г. На средства жителей слободы в 1697 г. была построена каменная церковь святителя Николая, что в Ямах, позднее перестроенная и просуществовавшая до 1958 г.