Главный престол был посвящен Живоначальной Троице, однако более храм известен по Никольскому приделу. В 1749 г. при храме появился еще один придел – Усекновения главы Иоанна Предтечи. Рост числа жителей, увеличение количества прихожан вызвало необходимость в новых перестройках и расширении храма, которые осуществлялись в 1867–1878 гг. по проекту архитектора Н.И. Финисова. Были построены новая трапезная и колокольня в два яруса с шатровым завершением. Старые стены получили новую архитектурную обработку. На четверике возвели широкий барабан с шатром над ним, игравшим роль светового купола. Все переделки запечатлели фотографы конца XIX в., собравшие материалы для «Найденовских альбомов». На старом снимке храм изображен с юго-восточной стороны. Строгие компактные формы основного объема церкви плавно расширялись в два придела и трапезную. Завершением являлась колокольня, расположенная с западной стороны. Скругленные в верхней части оконные проемы отделаны рельефными наличниками. Центральный шатер с крестом дополняют три малых луковичных купола с крестами над приделами, апсидами и еще два аналогичных – над трапезной. Ощущение изящности и сказочности присуще всему облику церкви. По свидетельству историка Москвы П.В. Сытина, в середине XIX века на Николоямской улице насчитывалось 61 домовладение, из которых 14 принадлежало церквам. Обновление храма было произведено в 1897 г.
В первые годы советской эпохи Николоямской храм закрыли и использовали для хранения архивных материалов. Все его внутреннее убранство было утрачено. В 1960-е гг. на месте церкви выстроили жилой дом.
Николая Гостунского, святителя, в Кремле церковь
(Соборная и Ивановская площади; уничтожена).Каменную Никольскую церковь возвели на месте прежней в 1506 г. при великом князе Василии III Ивановиче. В нее поместили чудотворную икону святителя Николая Гостунского. Образ перенесли с места его явления – речушки Гостихи, притока Оки, в десяти километрах вниз по течению от города Белева. Николо-Гостунская церковь была построена одновременно с Архангельским собором, и, по-видимому, тем же архитектором. Храм часто в документах именовался собором. На изображении Московского Кремля начала XVII в. прекрасно видно здание Никольского храма, небольшого, одноглавого, с двумя симметричными приделами. С Николо-Гостунским храмом времени Ивана Грозного связано еще одно важное для истории Российского государства событие – появление в 1564 г. первой печатной книги. Иван Федоров, вставший во главе Печатного двора, был диаконом этой церкви.
На протяжении XVIII века здания, стоявшие по кромке холма на Ивановской площади, снесли, и храм остался посередине большой площади. По рисункам художников конца XVIII века можно судить, что он к этому времени лишился южного придела. В 1817 г. старый Никольский храм разобрали. Престол перенесли в здание звонницы при колокольне Ивана Великого. В 1818 г. Никольский храм на третьем ярусе звонницы освятили. Высокое открытое крыльцо с гульбищем, расположенное на западном фасаде и ведущее в церковь, было возведено в 1849–1852 гг. архитектором К.А. Тоном. Церковь внешне была выделена богатым оформлением окон и порталов с красивыми рельефами. Внутри она была двухсветной и имела купольный свод, который не быловидно снаружи. В ноябре 1917 г. при артобстреле Кремля церковь подверглась значительному разрушению. Она перестала существовать сразу после революции. Сейчас все помещение колокольни Ивана Великого находятся в ведении Музеев Московского Кремля. В бывшем Никольском храме расположены выставочный зал и другие помещения музея. Судьба чудотворного Гостунского образа святителя Николая после 1917 г. неизвестна, а самым близким списком к нему является икона Николая Гостунского из Никольского храма Ростова Великого (сейчас находится в Музее Ростовского кремля).
Николая, святителя, и Ермогена, священномученика, церковь
(уничтожена).Домовый храм при Эвакуационном пункте воинского начальника на Пустой улице, близ Таганской площади был освящен в январе 1915 г. В заметке в «Московских церковных ведомостях» сообщалось, что здесь находился позолоченный иконостас, сооруженный В.Н. Маркеловым, и что на освящении церкви присутствовала великая княгиня Елизавета Федоровна; пел хор писарей. По-видимому, храм был уничтожен вскоре после Октябрьской революции 1917 г.
Николая, святителя, мученицы Софии и преподобной Марии Египетской при учреждениях имени княгини Щербатовой церковь
(уничтожена).