В 1825 г. в храме был устроен придел святителя Николая, в 1861 г. – святого Филарета Милостивого. В 1868 г. приделы расширили, соорудили каменную ограду, а спустя два года – белокаменную паперть. В 1876 г. заново расписали стены, возобновили резьбу и позолоту на придельных иконостасах, устроили в старинном стиле новый главный иконостас. В 1880-х гг. возвели новую колокольню (архитектор П.П. Зыков), в 1894 г. расширили трапезную и приделы. Старинная Трифоновская церковь стала как бы алтарем новой. В 1912 г. изготовили в старинном стиле басменной работы (металлические пластины, на которых оттиснуты слова или фигуры) новый иконостас (архитектор Ф. Шехтель), стены расписали в стиле XVII в.
В 1931 г. церковь закрыли. Была разрушена колокольня и приделы. В 1950-е гг. храм отреставрировали, придав ему старинный облик (архитектор-реставратор Л.А. Давид). Его освятили в сентябре 1992 г.
Трифона, мученика, при Убежище слепых мужчин у Серпуховской заставы церковь
(уничтожена).Убежище-богадельня для слепых мужчин всех сословий и исповеданий, рассчитанное на пятьдесят человек, было открыто в 1885 г. при Обществе призрения слепых в Москве. Церковь пристроили к зданию и освятили 3 ноября 1913 г. В ней находился мраморный одноярусный иконостас. Церковь закрыли вскоре после Октябрьской революции. В домовом храме разместили «пятую команду выздоравливающих при Московском рабочем полку». Здание богадельни и храма снесли в 1980-х гг., построив взамен многоэтажный дом (на углу 2-го Подольского переулка и Павловской улицы).
Троицы в Александровских казармах, при 6-м гренадерском Таврическом полку церковь
(Павловская улица, дома № 4 и № 6).4 октября 1879 г. на месте провиантских магазинов в конце Большой Серпуховской улицы по проекту архитектора А.П. Попова выстроили каменные корпуса Александровских казарм. Они были устроены городским управлением и состояли из нескольких двух– и трехэтажных зданий «с наклонностью к русскому стилю». Интересен факт: полки здесь менялись, и каждый прибывал со своей церковью. Так, 11 октября 1892 г. 6-й гренадерский Таврический полк великого князя Михаила Николаевича перевели в Александровские казармы со своей церковью Живоначальной Троицы из Тулы на место 2-го пехотного Софийского полка, стоявшего здесь с церковью великомученика Георгия Победоносца. Помещение церкви было небольшим, на 150 человек, на третьем этаже одного из корпусов. Иконостас имел два яруса.
Вскоре после Октябрьской революции 1917 г. Троицкую домовую церковь и церковь апостолов Петра и Павла, также размещавшуюся в Александровских казармах, ликвидировали, убранство и часть иконостасов перенесли в верхний храм Вознесения Господня у Серпуховских ворот, который, в свою очередь, закрыли в 1929 г., и все церковное имущество было утрачено.
В советское время казармы не изменили своего главного назначения. Здесь разместились красноармейцы, и казармы стали носить название Чернышевские. В настоящее время здания по-прежнему используются военным ведомством, в них размещаются войсковые части бригады охраны Министерства обороны РФ.
Тщанием наместника и братии Донского монастыря в 1998 г. в казармах на новом месте освятили домовую церковь во имя святителя Николая. Воссоздать Троицкую церковь пока не планируется.
Троицы при Александровском отделении Ермаковской богадельни в Сокольниках церковь
(улица Короленко, дом № 2).Учредитель богадельни Флор Яковлевич Ермаков был сыном крестьянина села Мещерино Коломенского уезда Московской губернии. Я.Я. Ермаков в 1840-е гг. приобрел в Москве владение за Трехгорной заставой (ныне Шмитовский проезд, 29), куда перевез свою семью и где выстроил небольшую ситценабивную и бумагопрядильную фабрику. Унаследовав семейное дело, его сын Ф.Я. Ермаков сумел расширить производство на фабриках в Мещерино, Вышнем Волочке и в Москве настолько, что к 1870-м гг. состояние семьи составило несколько миллионов рублей. За качество производимой им продукции Ермаков был награжден в 1855 г. золотой медалью. В начале 1870-х годов он приобрел участок в Сокольниках с производственными сооружениями, где открыл шерстяную камвольную фабрику, но дело не заладилось. Ликвидировав фабрику, Ермаков приспособил существующие на участке строения под богадельню на пятьсот человек (70 мужчин и 430 женщин) православного исповедания, преимущественно из крестьянского сословия.