Вскоре Ф.Я. Ермаков ликвидировал все дела и, будучи почетным попечителем учреждений ведомства императрицы Марии, направил свою деятельность исключительно на благотворительные цели. Он выстроил богаделенные дома в родном селе Мещерине и в Вышнем Волочке. Флор Яковлевич восстановил упраздненный Желтоводский монастырь близ Нижнего Новгорода, заново отделал женский Брусенский монастырь в Коломне, и возвел в нем новую церковь. На его средства выстроили специальный корпус при пересыльной тюрьме в Москве для семейств, сопровождающих осужденных в Сибирь, и один из корпусов психиатрической лечебницы имени Н.А. Алексеева на Канатчиковой даче. В 1893 г. при собственном доме на Новой Басманной улице (дом № 9), куда семья благотворителя перебралась с Пресни в 1880-х гг., Флор Яковлевич открыл бесплатную народную столовую на пятьсот человек. На завещанные Ермаковым городу средства выстроили два ночлежных дома на полторы тысячи человек каждый в 1-м Дьяковском переулке (1906 год, архитектор И.А. Иванов-Шиц) и на Краснохолмской улице (1915 год, архитектор А.Ф. Мейснер).
Несомненно, самым значительным начинанием Ермакова стало учреждение богадельни его имени на тысячу человек. Богадельня состояла из двух отделений: Мариинского, за Трехгорной заставой, в бывшем частном владении Ф.Я. Ермакова, и Александровского в Сокольниках. При обоих отделениях были устроены домовые церкви. При Александровском отделении богадельни в Сокольниках ее выстроили по проекту архитектора П.И. Иванова. Храм был двухъярусным, верхний в честь праздника Святой Троице (освящен 22 августа 1877 г.); нижний был устроен во имя святых мучеников Флора и Лавра (освящен 18 августа 1877 г.). В 1899 г. храм перестроили по проекту архитектора П.М. Самарина. Со времени основания обязанности священника в нем исполнял отец Порфирий (П.И. Розов), который 4 февраля 1899 г. отпраздновал 50-летие своего служения в этом храме. Отец Порфирий был духовником Ф.Я. Ермакова, по приглашению которого и стал настоятелем богаделенного храма.
Храм при Ермаковской богадельне (после 1917 г. – Ермаковские учебно-производственные мастерские) упразднили в 1922 г. Помещение церкви «на основании резолюции о ликвидации церквей, вынесенной на собрании трудящихся, передано для культурно-просветительных целей». В настоящее время, в результате многолетнего использования храма под хозяйственные нужды, от него сохранился лишь нижний ярус, где располагалась церковь во имя святых мучеников Флора и Лавра и где 24 июня 1895 г. был погребен Ф.Я. Ермаков. Здание богадельни, выходящее на красную линию улицы, занято Центральным институтом усовершенствования учителей.
Троицы в Александровском приюте для священнослужителей церковь
(уничтожена).Домовую церковь в честь праздника Святой Троицы освятили 22 декабря 1866 г. в доме графов Толстых, ранее принадлежавшем князьям Грузинским. Здание стояло на внешней стороне Садовой-Кудринской улицы, а участком выходило на Большую Грузинскую улицу. Обер-прокурор Святейшего Синода, друг Н.В. Гоголя, граф А.П. Толстой был женат на княжне Анне Георгиевне Грузинской, которой принадлежало большое земельное владение по Садовой-Кудринской улице. Здесь стоял длинный деревянный одноэтажный дом, который боковым фасадом выходил на красную линию улицы. Архитектурный облик здания не отличался от московских сооружений 2-й четверти XIX в., возведенных после пожара 1812 г. Как правило, это были дома в стиле ампир из дерева, оштукатуренные и декорированные под каменные строения. Только на чертежах Государственного исторического архива Москвы сегодня можно увидеть, как выглядели фасады толстовского дома, и где располагалась церковь, которую устроили в одном из помещений особняка. О внутреннем убранстве храма мало что известно. Однако можно предположить, что его украшение отличалось от прочих домовых храмов города, так как состояние владельцев позволяло пригласить известных живописцев и приобрести ценные реликвии. Актом типично московской благотворительности можно считать передачу всего особняка в управление Попечительству о лицах духовного звания, и 4 ноября 1892 г. в нем открыли приют для престарелого духовенства. К сожалению, деятельность приюта была непродолжительной.
Вскоре после Октябрьской революции 1917 г. церковь закрыли. Деревянная постройка перенесла несколько пожаров и невосполнимых утрат. Позже остатки здания снесли. Выстроенное на его месте в 1930-е гг. сооружение было перестроено по проекту М. Круглова, Б.Тамбиева, Г. Шпольского и окончено строительством в 1970 г. (Садовая-Кудринская улица, дом № 11).
Троицы на Арбате церковь
(уничтожена).