20 июня 1918 г. В. Володарский убит боевиками-эссерами, когда ехал на очередной митинг на Обуховском заводе. Нарком А. Луначарский соратник Володарского так описывает обстоятельства его убийства: «Ненавидела его буржуазия и все ее прихвостни и как политика. Я думаю, никого из нас не ненавидела она тогда так, как его. Ненавидели его остро и подколодно эсеры. Почему так ненавидели Володарского? Во-первых, потому, что он был вездесущ, он летал с митинга на митинг, его видели и в Петербурге, и во всех окрестностях чуть ли не одновременно. Рабочие привыкли относиться к нему как к своей живой газете. А он был беспощаден. Он был весь пронизан не только грозой Октября, но и пришедшими уже после его смерти грозами взрывов красного террора. Этого скрывать мы не будем, Володарский был террорист. Он до глубины души был убежден, что, если мы промедлим со стальными ударами на голову контрреволюционной гидры, она не только пожрет нас, но вместе с нами и проснувшиеся в Октябре мировые надежды.
Он был борец абсолютно восторженный, готовый идти куда угодно. Он был вместе с тем и беспощаден. В нем было что-то от Марата в этом смысле. Только его натура в отличие от Марата была необыкновенно дневной, отнюдь не желавшей как-то скрываться, быть таинственным учителем из подполья, наоборот, всегда сам, со своим орлиным клювом и зоркими глазами, всегда со своим собственным металлическим клекотом горла, всегда на виду в первом ряду, мишень для врагов, непосредственный командир.
И вот его убили…
В день своей смерти он телефонировал Зиновьеву, что был на Обуховском заводе, телефонировал, что там, на этом тогда полупролетарском заводе, где заметны были признаки антисемитизма, бесшабашного хулиганства и мелкой обывательской реакции, — очень неспокойно.
В те дни эсеры — вкупе и влюбе с офицерами минной дивизии — взбулгачили ее матросов настолько, что на митинге, на котором говорили я и Раскольников, был прямо постановлен и подхвачен обманутыми матросами миноносцев лозунг: „Диктатура Балтфлота над Россией". Никто не возражал, когда мы доказывали, что за этой диктатурой стоит диктатура нескольких офицеров, помазанных жидким эсерством, и нескольких лиц, еще более неопределенных, со связями, уходившими через иронически улыбавшегося адмирала Щастного в черную глубь. Минная дивизия стала тогда за Обуховским заводом, она и протянула ему руку.
Володарский просил Зиновьева приехать лично на Обуховский завод и попытаться успокоить его своим авторитетом. Зиновьев пригласил меня с собою, и мы оба часа два, под крики и улюлюканье эсеровской и меньшевистской шайки (к эсерам и меньшевикам налипло тогда все, что было реакционного на заводе), старались ввести порядок в настроение возбужденной массы. Мы возвращались с Обуховского завода и по дороге, не доезжая Невской заставы, узнали, что Володарский убит.
Горе и ужас охватили пролетарское население. Пуля, убившая Володарского, убила также и всю минно-обуховскую затею. Петербургский исполком разоружил минную дивизию, и вся буря Обуховского завода сразу улеглась.
В Большом Екатерининском зале Таврического дворца, утопая в горе цветов, пальмовых ветвей и красных лент, лежал Володарский, застреленный орел. Как никогда резко, словно у бронзового римского императора, выделялось его гордое лицо. Он молчал важно. Его уста, из которых в свое время текли такие пламенные, острые, металлические речи, сомкнулись как бы в сознании того, что сказано достаточно. Неизгладимое впечатление произвело на меня отношение старых работниц к покойнику. На моих глазах некоторые из них подходили с материнскими слезами, долго с любовью смотрели на сраженного героя и с судорожным рыданием говорили: „Голубчик наш“.
Шествие, хоронившее Володарского, было одним из самых величественных, которые знал видавший виды Петербург. Десятки, а может быть, и сотни тысяч пролетариев провожали его к могиле на Марсовом поле…».
Володарского торжественно похоронили 23 июня 1918 г. на Марсовом поле. После его гибели Литейный проспект в Петрограде переименовали в проспект имени Володарского, однако в 1944 г. проспекту возвращено его первоначальное название.
21 июня 1925 г. на левом берегу Невы, на месте гибели большевистского агитатора открыт памятник. В 19321936 гг. неподалеку от памятника, между Ивановской и Народной улицами, через Неву перекинули трехпролетный железобетонный арочный мост, созданный по проекту инженеров Г.П. Передерия и В.И. Крыжановского, а также архитекторов А.С. Никольского и К.М. Дмитриева. Впервые при его строительстве применена трубчатая арматура — металлические трубы, заполненные бетоном.