Наконец-то Кемаль стал командующим группой армий, но ее остатки были слабее его прежней 7-й армии. Тем не менее паша не отчаялся. Он защищает теперь южные границы Турции, но понимает, что судьба страны будет решаться не здесь, а в Стамбуле.
А там как раз происходили важные события. 7 октября 1918 года Комитет партии «Единение и прогресс» большинством голосов вынес решение об отставке правительства великого визиря Талаат-паши, которая последовала на следующий день, 8 октября. Теперь необходимо было создать такое правительство, которое могло бы найти общий язык с Антантой и добиться приемлемых условий мира.
Султан Вахидэддин и придворные круги хотели видеть новым великим визирем бывшего турецкого посла в Англии Тевфик-пашу, известного своим англофильством. Но младотурки широко проникли в государственный аппарат и противились этому назначению.
Только 13 октября собрался парламент, где младотурки сохраняли большинство. Теперь их лидеры старались выиграть время, чтобы успеть покинуть страну. Сказывалось влияние антантофильской партии «Свобода и согласие» (Хюрриет ве итилаф). 14 октября был достигнут компромисс и сформировано новое правительство во главе с маршалом Ахметом Иззетом-пашой (Фургачем), считавшимся англофилом. В нем осталось несколько министров-младотурок. Так, министром внутренних дел стал бывший посол в Софии, генеральный секретарь «Единения и прогресса» и друг Кемаля Али Фетхи-бей (Окяр), а министром финансов Джавид-бей, ранее занимавший этот же пост. Некоторые группировки требовали назначить военным министром Мустафу Кемаля-пашу, но султанский двор воспротивился этому.
С 14 по 19 октября 1918 года состоялся последний съезд партии «Единение и прогресс». Талаат-паша, выступивший с политическим докладом, признал полный крах политического курса младотурок и заявил, что «поскольку наша политика потерпела провал, теперь мы не можем оставаться у власти».
Первой и главнейшей задачей правительства Иззета-паши было заключение соглашения о перемирии. Для этого была сформирована специальная миссия во главе с морским министром Хюсейном Рауф-беем. Миссия попросила генерала Таунсенда, находившегося в турецком плену, стать посредником между Турцией и английским командованием. Тот согласился и в сопровождении губернатора Измира Рахми-бея 20 октября отправился в английский штаб на острове Лемнос, где 27 октября 1918 года состоялась первая встреча между английским адмиралом сэром Сомерсетом Гоф-Калторпом, командующим британским Средиземноморским флотом, и турецкой делегацией.
Султанский двор и новое турецкое правительство разрешили своей делегации принять все условия англичан. По утверждению Кемаля-паши, султан Вахидеддин открыто говорил, что «мы примем все условия англичан, какими бы они тяжелыми ни были… Я считаю, что англичане останутся верны многовековой дружбе и симпатии, которые питают к нам. Пройдет немного времени, и мы добьемся их милости». На самом деле условия перемирия оказались очень тяжелыми, и британской милости турки не дождались.
В результате переговоров на острове Лемнос 30 октября 1918 года на палубе британского броненосца «Агамемнон», стоявшего в заливе Мудрос, было подписано соглашение о перемирии.
Согласно Мудросскому перемирию, Турция обязана была безоговорочно сложить оружие и отдаться на милость победителя. Все важнейшие военно-стратегические и экономические центры страны подлежали оккупации войсками Антанты. Все стратегические железные и шоссейные дороги, транспортные средства, запасы продовольствия и топлива переходили в распоряжение союзников. Военнопленные стран Антанты немедленно освобождались и отправлялись на родину, а турецкие военнопленные пока что оставались в лагерях. Турция должна была отозвать свои войска из Закавказья и из Киликии, а в случае возникновения беспорядков в одном или нескольких армянских вилайетах союзники имели право оккупировать их. Османская империя согласилась на капитуляцию флота, демобилизацию своей армии, открытие проливов Босфор и Дарданеллы, на контроль союзников над железными дорогами и признала их право вмешиваться в конфликты практически в любом месте империи.
Возвратившийся с Лемноса Рауф-бей (Орбай) заявил: «Достигнутое перемирие превзошло наши ожидания. Спасены независимость государства, султанат и честь нации».
Но в 1927 году в своей знаменитой шестидневной речи «Нутук» Кемаль-паша оценивал перемирие в Мудросе несколько иначе. Он утверждал: «Группа держав, в которую входило и Оттоманское правительство, потерпела поражение в Великой войне. Оттоманская армия была сокрушена на всех фронтах. Условия подписанного перемирия были суровы. Столь длительная война истощила людей и сделала их нищими. Те, кто вверг народ и страну во всеобщий конфликт, бежали и теперь заботились только о своей собственной безопасности. Армия была лишена вооружения и боеприпасов, и такое положение вещей продолжало сохраняться. Державы Антанты не считали необходимым уважать условия перемирия. Под различными предлогами их войска оставались в Турции».