Создание Совета по хаджу при Правительстве РФ поставило российских мусульман в привилегированное положение по отношению к религиозному большинству — для оптимизации православного паломничества таких структур создано не было. Впоследствии это особое положение закрепили еще несколько правительственных инициатив.
Одним из главных событий конца 2006 г. для исламского сообщества России стало создание Фонда поддержки исламской культуры, науки и образования, учрежденного 12 декабря 2006 г. и зарегистрированного 31 января 2007 г. Как говорится в учредительных документах Фонда, он был создан «с целью поддержки традиционных мусульманских религиозных организаций России и осуществляемых ими проектов, направленных на развитие исламской культуры, науки и образования; пропаганду толерантности, веротерпимости, недопущения исламофобии и разделения российского общества на национальной и религиозной почве; духовно-нравственное воспитание детей и молодежи; просветительскую деятельность по противодействию распространению экстремизма и терроризма; укрепление роли семьи в обществе и государстве крупнейшими религиозными организациями». Главным учредителем Фонда выступило Управление Президента Российской Федерации по внутренней политике74
.Соучредителями Фонда выступили Совет муфтиев России; Международная исламская миссия, ЦДУМ, КЦМСК и Всероссийская общественная организация «Аль-Хак». Правление Фонда формально возглавил ректор Московского исламского университета Марат Муртазин, хотя реально наибольшие полномочия оказались сосредоточены у главного советника Администрации Президента Алексея Гришина, ставшего членом правления. Помимо правления, контроль над Фондом был возложен на его Попечительский комитет, который возглавили президент Торгово-Промышленной Палаты России Е.М.Примаков и заместитель начальника Управления Президента Российской Федерации по внутренней политике М.В.Островский75
.Предполагалось, что одной из главных задач Фонда станет упорядочение зарубежной помощи, продолжавшей бесконтрольно поступать российским мусульманам. Арабским и турецким благотворителям было предложено перечислять все средства на счет Фонда, после чего совместно с его руководством распределять их действительно нуждающимся мусульманским структурам. Помимо борьбы с достигшим неправдоподобных размеров воровством, данная мера была призвана перекрыть каналы финансирования откровенно экстремистских или антироссийских сил.
Естественно, что такая инициатива вызвала резко отрицательную реакцию ряда муфтиев и их сподвижников, в первую очередь — лидера Совета муфтиев Равиля Гайнутдина и президента Исламского культурного центра России Абдул-Вахеда Ниязова. Так, во время организованной Фондом конференции они пытались блокировать соответствующие инициативы его руководства, убеждая саудовских делегатов не изменять механизм перечисления средств. В итоге разразился скандал, и отношения между Администрацией Президента России и Советом муфтиев резко ухудшились.
К 2008 г. ежемесячный объем грантов, выделяемых Фондом десяткам мусульманских организаций, достиг 30 млн рублей76
. Эти средства расходовались на строительство и восстановление мечетей, поддержку исламских вузов и СМИ, проведение конференций и стипендии студентам, а также на множество других целей. При этом немалую часть финансовых потоков из-за рубежа действительно удалось замкнуть на эту структуру — так, в июне 2009 г. руководство Фонда договорилось с заместителем министра по делам религии и вакфов доктором Адель аль- Фаляхом о создании в России на условиях равного финансового участия Центра умеренного ислама «Аль-Васатыя», нацеленного на борьбу с исламским экстремизмом и развитие межрелигиозного диалога. При этом кувейтская сторона пообещала выделить стипендии для студентов исламских вузов России и помочь в оказании финансовой помощи Институту востоковедения Академии наук РФ77.С 2007 г. Фонд принял активное участие в запуске программы Министерства образования и науки РФ по обеспечению подготовки специалистов с углубленным знанием истории и культуры ислама в 2007-2010 гг. План мероприятий в рамках программы был утвержден Распоряжением Правительства РФ от 14 июня 2007 года. Согласно нему в России предполагалось создать пять исламских университетских центров на базе Московского исламского университета, Российского исламского университета в Казани, Российского исламского университета в Уфе, Северо- Кавказского университетского центра образования и науки в Махачкале (бывший Институт теологии и религиоведения им. Мама-Дибира аль-Рочи) и Северо-Кавказского исламского университета имени Абу Ханифы в Нальчике (бывший Кабардино- Балкарский исламский институт). Впоследствии число таких центров было доведено до семи благодаря включению в список Нижегородского исламского института им. Х.Фаизханова и Российского исламского университета им. Кунта-хаджи Кишиева в Грозном78
.