Исчерпав все возможности изменить государственную политику в отношении ислама, в 1930 г. Фахреддин всерьез вознамерился последовать примеру крымского муфтия Ибрагима Тарни и расформировать ЦДУМ с тем, чтобы привлечь внимание зарубежных мусульман к бедственному положению ислама в СССР118
. После консультаций с казыями он решил не прибегать к крайним мерам, однако о планировавшемся демарше стало известно НКВД114. В 1936 году было инспирировано «Дело о заговоре руководителей ЦДУМ», суть обвинений по которому сводилась к тому, что муфтий Ризаэтдин Фахреддин и казый Кашшаф Тарджемани готовились объявить о закрытии ЦДУМ с целью вызвать антисоветские волнения верующих. По этому делу было арестовано и расстреляно более 30 человек, включая троих казыев ЦДУМ — Зияэтдина Камали (Камалетдинова), Мухлису Буби и Кашшафа Тарджемани120.В апреле 1936 г. Ризаэтдин Фахреддин скончался, и на повестку дня встал вопрос об избрании нового председателя ЦДУМ, однако власти не дали своего согласия на проведение съезда — именно такие полномочия они получили в процессе эволюции советского законодательства о свободе совести. На практике отделение церкви от государства оказалось сугубо односторонним, и государство не стеснялось напрямую вмешиваться во внутренние дела религиозных организаций. Запрет на проведение съезда ЦДУМ и «Дело о заговоре руководителей ЦДУМ» стали апогеем государственно-исламских отношений в довоенном СССР. Муфтий Ризаэтдин Фахреддин, оказавший советской власти немало важных услуг, был посмертно объявлен японским шпионом, что привело к репрессиям в отношении его родственников121
.После смерти Фахреддина исполняющим обязанности муфтия ЦДУМ стал имам из города Троица Челябинской области Габдрахман Расулев, сын знаменитого суфийского шейха Зейнуллы Расулева. В 1936 г. власти собрали в Уфе имамов ЦДУМ, поставив перед ними вопрос о целесообразности дальнейшего существования этой организации. В итоге было решено ЦДУМ сохранить, а наиболее ревностного защитника первого российского муфтията Габдрахмана Расулева назначить его главой122
.В 1936 г. скончался и муфтий ЦДУМ БАССР Мутыйгулла Гатауллин, а его заместитель М.М.Камалетдинов подвергся аресту. На этом советская история альтернативного ЦДУМ башкирского муфтията завершилась123
. В 1992 г. эта структура была восстановлена, однако никакой преемственности с ЦДУМ БАССР Духовное управление мусульман Республики Башкортостан не сохранило124.К 1941 г. из 13700 мусульманских приходов внутренней России уцелело около сотни. Все учебные заведения были закрыты, выпуск газет и журналов прекращен, издательские проекты заморожены. Репрессии коснулись большинства имамов и членов их семей125
. Аналогичная ситуация, хотя и в более легкой форме, наблюдалась также в Крыму, на Кавказе и в Средней Азии. Исламскому сообществу России был нанесен тяжелейший удар за всю его историю; удар, от последствий которого оно до сих пор не оправилось и оправится еще не скоро.Большевики расчетливо использовали исламский фактор в своих целях, добившись важных внутри- и внешнеполитических успехов. Вброшенные в мусульманскую среду идеи о «национальных государствах тюрок», «шариатском управлении» и «мести великорусским шовинистам за многовековое угнетение» в итоге привели большую часть мусульманских лидеров в хитроумно расставленную ловушку и заставили ее работать против ислама. Наградой за это стала смерть или изгнание — столетиями формировавшаяся мусульманская элита была практически полностью уничтожена или изолирована от общества, а ее место заняла подчеркнуто светская интеллигенция, не допускавшая присутствия ислама даже в именах своих детей.