Во время заключения Кутб написал невероятно много сочинений; за двенадцать лет он создал самые известные и читаемые из них. Его книги, в том числе «Вехи на пути», тайно переправлялись из каирской тюрьмы «Тура», переписывались от руки и распространялись по всему исламскому миру. В «Вехах» мировоззрение Кутба все больше склонялось к манихейству; он призывал к «уничтожению всех сатанинских сил и сатанинского образа жизни». Кутб обвинял «евреев-сионистов» и «христианских крестоносцев» во всех грехах современного общества, от проституции и наркомании до капиталистической жадности и духовного падения. «Сегодня человечество живет в одном большом борделе! – провозглашал Кутб. – Стоит только взглянуть на всю эту прессу, фильмы, показы мод, конкурсы красоты, бальные залы, винные бары и радиостанции! Посмотрите на сумасшедшее распутство обнаженной плоти, провоцирующих поз и больную, непристойную литературу, на искусство и средства массовой информации».
Кутб утверждал, что перед лицом этого морального и духовного разложения мусульмане обязаны взять на себя обязательство вести войну против «джахилии», или доисламского варварства и невежества. Только буквальное толкование веры – возвращение к «предкам», или фундаментализм, – дарует человечеству истинную свободу. В любой другой системе, как объяснял Кутб, люди служат другим людям, но в исламе люди служат только Аллаху. «Ислам представляет собой универсальную истину, – заключает Кутб, – принятие которой обязательно для всего человечества… Если кто-то встает на позиции сопротивления, то на ислам возлагается обязанность бороться против него, пока он не будет убит или не заявит о своей лояльности и покорности».
Кутб заставлял своих читателей считать Коран не только религиозным трактатом, но и руководством к действию: «Словно солдат на поле боя читает ежедневную сводку и знает, что нужно делать». Спорная версия «Аят Меча», Священного текста, в котором правоверным приказано взяться за оружие против язычества, была истолкована не как общее духовное направление, но как «инструкция по эксплуатации» для джихада. В этом смысле Кутб является тем интеллектуалом, который непосредственно сформировал мышление современных радикальных исламистских лидеров, и его труды продолжают занимать центральное место в каноне воинствующих групп, включая «Аль-Каиду» (террористическая организация, запрещенная в России) и «Исламский Джихад» (террористическая организация, запрещенная в России). Это не совпадение, что младший брат Кутба, Мухаммад, учил молодого Усаму бен Ладена.
Кутб снова и снова возвращался к мифу о золотом веке. Он был порабощен ностальгией по ушедшей, хотя и воображаемой эпохе, для которой были характерны духовная чистота, социальная сплоченность и простые правила поведения: «Сегодня человечество стоит на краю пропасти не из-за опасности полного уничтожения, которая нависла над всеми. Это всего лишь симптом, а не собственно болезнь. Но причина в том, что человечество лишилось тех жизненных добродетелей, которые необходимы, и не только для здорового развития, но и для настоящего прогресса». Кутб верил, что эти добродетели можно найти в ранней эпохе ислама, задолго до того, как волна колониализма разрушила социальные и политические ценности мусульманского мира. Только восстановление ислама как образа жизни – всеохватной социальной и политической системы – позволит мусульманам возродить свою цивилизацию в ее былой славе. Кутб посвятил книгу «Социальная справедливость в исламе» «молодым, которых я мысленно представляю себе и которые придут, чтобы восстановить свою религию, какой она была в начале… стремящихся к Богу, убивающих и убитых, глубоко верящих, что слава принадлежит Богу, Его Пророкам и верующим».
В августе 1965 года Кутб был снова арестован и приговорен к смерти за планирование свержения светского правительства Насера. Когда Насер предложил ему возможность избежать казни, Кутб твердо отказался от любых переговоров со своим врагом и оставался несгибаемым перед лицом надвигающейся смерти. В июне 1966 года, в письме писателю из Саудовской Аравии Абд аль-Граффару Аттару, Кутб говорит о духовном прозрении, посетившем его в тюрьме: «Я смог открыть Бога удивительным новым способом. Я понял Его путь и направление более ясно и полно, чем раньше. Моя вера в Его защиту и обеты верующим сильнее, чем когда-либо прежде».