Приход двадцатидевятилетнего Ж. Я. Котина в КБ завода изменил работу бюро. Были произведены расчеты конструкции танка «Т28», позволившие повысить его надежность и улучшить характеристики. Одновременно бюро нацеливалось на проектирование танков в соответствии с задачами, выдвинутыми на первый план в связи с появлением эффективных средств поражения. Много сил и энергии Котин отдал созданию конструкторского бюро, организации его работы, подбору специалистов, совершенствованию методов проектирования. Бои в Испании, а затем военные конфликты с Японией в районе озера Хасан и на реке Халхин-Гол подтвердили необходимость повышения уровня броневой защиты танков, пересмотра концепции танкостроения первой половины 1930-х годов. Изучая опыт боевых действий в Испании, Котин пришел к выводу о неэффективности легких и средних танков с легкой броней, главным достоинством которых считалась высокая скорость и хорошая маневренность. С этой поры Жозеф Яковлевич конструирует тяжелые танки.
Разрабатываются два варианта тяжелых танков по заказу автобронетанкового управления — тяжелый танк прорыва массой 55 тонн с установкой одной 76-мм и двух 45-мм пушек в трех башнях СМК (Сергей Миронович Киров) и по собственной инициативе — однобашенный «КВ» (Клим Ворошилов) с 76-мм пушкой и противоснарядным бронированием.
9 декабря 1938 года на совместном заседании Комитета обороны и политбюро ЦК ВКП(б) Котин доложил об основных тактико-технологических характеристиках будущей машины — танка «СМК». После обсуждения проекта Сталин подошел к деревянному макету танка «СМК» и спросил:
— Товарищ Котин, зачем на танке три башни?
— Это заказ автобронетанкового управления — ответил главный конструктор. — Мощное вооружение: одна пушка 76 мм и две по 45 мм.
Сталин подошел к макету, снял с него заднюю башню с 45 мм пушкой и спросил:
— Сколько я снял?
— Три тонны, — ответил Котин.
«— Обратите их на усиление броневой защиты», — сказал Сталин. — Нужно ориентироваться на утолщение брони и усиление защиты экипажа.
Новые танки были созданы в кратчайшие сроки. Котин и его команда постоянно занимались усовершенствованием этих танков.
Первый образец танка «КВ» был изготовлен в сентябре 1939 года и вместе с «СМК» и рядом других машин отправлен на Карельский перешеек для участия в прорыве линии Маннергейма. Танки показали в этой операции неоспоримые преимущества, причем танк «КВ», снабженный новым дизельным двигателем, оказался более подвижным и менее уязвимым, чем танк «СМК». В результате «СМК» был забракован. 19 декабря 1939 года тяжелый танк «КВ», как и новый средний танк «Т-34», был принят решением правительства на вооружение Красной Армии. Название танку «КВ» придумали военные. Вместе с тем, в боях на линии Маннергейма выявилась настоятельная необходимость применения еще более мощного орудия, чем 76-мм танковая пушка «Л-П» танка «КВ». В начале 1940 года была срочно разработана установка 152-мм гаубицы «М-10». Четыре образца нового танка «КВ»-2» в начале 1940 года были изготовлены и проверены на завершающем этапе боев. Они показали себя с хорошей стороны.
Жорес Яковлевич возглавлял работы по созданию тяжелых танков «КВ-2», «КВ-1», «КВ-85», «ИС-1». Созданный под руководством Ж. Я. Котина тяжелый танк «ИС-2», вооруженный мощной 122-мм пушкой, с броней 120 мм, был признан самым мощным танком Второй мировой войны.
Всесторонние испытания нового танка показали — именно о таком танке мечтали в войсках. В историю войны он вошел под индексом «ИС» (Иосиф Сталин). Прославленный конструктор оказался не только конструктором танков, он был выдающимся и универсальным конструктором: под руководством Ж. Котина были созданы более десяти установок и агрегатов для тактических, оперативно-тактических и стратегических ракет.
За свои труды он был награжден золотой звездой Героя Социалистического Труда, четырьмя орденами Ленина, орденом Красного Знамени, двумя орденами Суворова первой и второй степени, орденом Отечественной войны первой степени, тремя орденами Красной Звезды, двумя орденами Октябрьской Революции, тремя орденами Трудового Красного Знамени, орденом Знак Почета, медалями, в том числе «За боевые заслуги». Жозеф Яковлевич Котин — четырежды лауреат Сталинской премии, депутат Верховного Совета СССР в 1946–1950 и в 1966–1970 годах, генерал-полковник инженерно-технической службы, доктор технических наук, Заслуженный деятель науки и техники РСФСР. Одновременно Котин был руководителем кафедры в Ленинградском политехническом институте.
Хочу закончить рассказ о Ж. Я Котине словами Первого Секретаря ЦК КПСС Никиты Сергеевича Хрущева: «Этот человек помог нам выиграть войну». Лучше не скажешь.