Учитывая ограниченный ресурсы, завоевание Италии было рискованным предприятием, в ходе которого Бонапарт не раз шокировал армии Пьемонта и Австрии рискованными переправами и стремительными атаками. Бонапарт выиграл незначительные бои при Монтенотте, Дего (снова), Мондови и Кодоньо, а в начале мая у Лоди он провел сенсационную операцию, в которой 3 500 французских гренадеров заняли мост через реку По и удерживали его против десятитысячной армии противника до прихода подкрепления под командованием Массены. Этот бой восхитил французскую публику, как и триумфальное вступление армии в Милан 13 мая, где ее встречали восторженные толпы, по крайней мере, одна толпа. Этот момент увековечил Стендаль, описав его в начале первой главы книги «Красное и черное». Кампания по завоеванию Ломбардии в основном сводилась к форсированию рек, обороне и захвату мостов. Бонапарт выиграл ее благодаря скорости маневра, внезапным атакам и тактическим уловкам, невзирая на превосходящие силы австрийской армии, которая сражалась отважно и упрямо. Закончилась кампания 15–17 ноября знаменитой победой у Арколе переправой через речку Альпоне. Это было типично для тактики сражения Бонапарта. Его стиль ведения военных операций – с быстрой переброской войск, связанной с риском, – иногда приводил к серьезным катастрофам, когда он сталкивался с таким методичным противником, как австрийцы. Бонапарт умудрялся выходить из этих опасных ситуаций только благодаря стремительной импровизации и изобретательности, а также находчивости Бертье и отчаянной храбрости его солдат. Трехдневное сражение при Арколе было классическим примером рискованной стратегии, когда Бонапарта спасла грамотная тактика, включающая военную хитрость: он послал отряд разведчиков в тыл противника с приказом устроить там шумный переполох, чтобы австрийцы подумали, что их почти окружили. Поспешное отступление стоило австрийцам победы. Аркола, как и Лоди, стала сенсационной победой, которую превозносили все газеты, и это еще больше укрепило репутацию Бонапарта как самого удачливого генерала республики. 14 января 1797 он выиграл решающее сражение при Риволи, которое привело к капитуляции последней основной крепости в Мантуа. В сущности, теперь Габсбурги отступили из Италии, оставив Бонапарта делать там все, что ему будет угодно.
Именно в этот момент Бонапарт из простого полевого генерала превратился в имперского проконсула, пусть пока еще не номинально. Когда он отправлялся в Италию, полученные им инструкции по поводу политических договоренностей после победы на поле боя были довольно жесткими. Но по мере того как в 1796–1797 годах он пересылал все больше и больше золота и серебра во французское казначейство, они благополучно смягчались (или игнорировались). Таким образом, он мог проводить свою собственную политику. Его методы в общих чертах походили на методы Сталина в восточной Европе в конце Второй мировой войны. Он поощрял формирование «патриотичных» и республиканских комитетов в основных городах, потом отвечал на их горячие просьбы о независимости под «протекторатом Франции». Таким образом, комитет в Болонье и Ферраре отверг папское правление, а в Реджио и Модене – правление местного герцога. Все четыре города, с одобрения Бонапарта, послали делегатов в Милан и 16 октября 1796 года на собрании объявили о создании Циспаданской республики, фактически вассального марионеточного государства. Ломбардийские города создали подобное государство, которое называлось Транспаданской республикой. Бонапарт подтолкнул их к идее объединиться, так 15 июля 1797 года была образована Цизальпинская республика. Тем временем он воспользовался восстанием, организованным французами в Генуе, чтобы свергнуть старую олигархию (6 июня), и учредил, как он называл, Лигурийскую республику. Подобным же образом он устранил олигархию и в Венеции. Из своего роскошного вице-королевского дворца в Монтенбло он контролировал процесс создания этих новых государств – первых в целом ряду новообразований, которые ему предстояло создать. Бонапарт также обсуждал условия мирного договора с Австрией, который 17 октября 1797 года был одобрен Директорией как Кампо-Формийский мирный договор, согласно которому Габсбурги признавали два новых французских протектората, уступали Франции Австрийские Нидерланды и Ионические острова и (тайно) соглашались на расширение французских границ до Рейна.