Известно, что смешение Люсьена было вызвано публикацией памфлета под заголовком «Параллель Цезаря, Кромвеля и Бонапарта», которая, как считалось, имела своею целью подготовку общественного мнения к основанию новой династии.
Это обстоятельство, а также расхождения во взглядах между Наполеоном и Люсьеном Бонапартом по вопросам политики и деятельности правительства, не говоря уже о претензиях Люсьена стать единственным доверенным лицом своего могущественного брата, привели к охлаждению в отношениях между братьями. Люсьен получил приказ отправиться в Испанию и склонить правительство этой страны к объединению с Францией, чтобы заставить Португалию порвать ее отношения с Англией.
Люсьен Бонапарт блестяще выполнил свою миссию в Испании. Он вывел эту страну из-под влияния Англии и заключил с Мадридом дипломатические соглашения, которые оказались весьма выгодными для Франции. По возвращении в Париж он становится первым заместителем, а затем сенатором, получив сенаторство на левом берегу Рейна; с поразительным талантом он отстаивал законы, представленные правительством, перед лицом членов трибуната. Институт сделал его своим членом. Ему предстояло разделить великую и завидную судьбу его брата, когда брак с госпожой Жубертон, не получивший одобрения со стороны Наполеона, вновь нарушил доброе взаимопонимание, которое, казалось, установилось между ними.
Наполеон тщетно обращал внимание своего брата на те неприятности, которые могут возникнуть у последнего, если такой брак состоится. Он зашел так далеко, что запретил мэру 10-го округа Парижа осуществить церемонию бракосочетания. Люсьен внезапно покинул Париж, отправился в Плесси-Шаман, сельский дом, которым он владел в окрестностях Санли, и, прежде чем первый консул мог вмешаться, деревенский священник, он же местный мэр, осуществил гражданскую и религиозную церемонию брака. Этот открытый мятеж против главы правительства и его семьи заставил Люсьена покинуть Францию. Он попросил разрешения отправиться в Италию и закончил тем, что обосновался в Ватикане, где был принят с уважением. Он не предпринимал никаких шагов, чтобы помириться с братом.
Сильнейшее недовольство Наполеона, вызванное браком его брата Люсьена, вскоре вспыхнуло вновь, на сей раз по поводу брачного союза, заключенного в Соединенных Штатах Жеромом Бонапартом, самым младшим из братьев. Жером, который тогда служил на флоте в звании лейтенанта, в конце 1803 года женился на мисс Элизе Паттерсон, дочери купца из Балтиморы. В то время ему было девятнадцать лет. Наполеон, обладая двойным статусом, как монарх и как глава семьи, запретил переоформить брак, запись о котором значилась только в гражданском реестре. Не обращаясь к суду, Наполеон объявил брак недействительным на том основании, что он был осуществлен без его личного согласия, без оглашения имен лиц, предполагавших вступить в брак, а также в силу того, что жених и невеста были несовершеннолетними. Он попросил церковные власти аннулировать брак, но Папа Римский, который уже был настроен антагонистически по отношению к императору, взял под защиту женщину протестантского вероисповедания, отказавшись разорвать религиозные узы, которые объединили ее с римско-католической церковью.
Учреждение империи решило вопрос о наследственности. Титул императора, являвшийся высочайшим в современной Европе, был справедливым для главы нации, превосходившей все другие. После того как этот титул был признан, установившиеся формы дворов соседних монархий, которые освободились от привилегий и от раболепия, стали необходимостью в новой империи, окруженной старыми европейскими государствами. Если новый император французов, лидер новой расы, реставратор религии во Франции, самый могущественный из всех католических монархов, ощущал потребность в религиозном посвящении, то он мог получить его только из рук главы церкви и только в столице империи. Вопрос о посредничестве его святейшества в религиозном посвящении и коронации императора стал предметом дискуссии в Государственном совете.
На этой ассамблее, где не возбранялась самая полная свобода дискуссий, были выдвинуты возражения против предлагаемого проекта из-за опасений, что римский двор вполне мог воспользоваться им, чтобы предъявить Франции новые притязания. Настойчивость Наполеона принесла свои плоды, и кардиналу Фешу, французскому послу в Риме, было поручено провести соответствующие переговоры.