Вследствие этого под влиянием Карла была предпринята реальная попытка решить задачу управления. Началось с верхушки режима: штаатсрат был упразднён и заменён новым министерством (Staats und Konferenz Ministerium), которое, как предполагалось, за счёт регулярных встреч министров, будет координировать всю работу правительства. Этому органу подчинялись три министерства: внутренних дел, военное и морское и иностранных дел — каждое из которых возглавлял ответственный министр, к тому же сначала их обязанности распространялись на всю империю (с созданием впоследствии министерства финансов число министерств выросло до четырёх). Даже роль гофкригсрата была сведена к роли исполнительного орудия военного и морского министерства (главой которого стал сам Карл). В то же время прилагались большие усилия для повышения эффективности администрации: Карл настаивал на чистке чиновничества и направленной на упрощение перестройке гофкригсрата, а ряд чиновников министерства иностранных дел выдвинули планы финансовых реформ.
Хотя всё это, конечно, было всего лишь лучше чем ничего, виды Карла на будущее отличались крайней осторожностью. Он, противясь возрождению иосифианства, был вполне готов терпеть продолжение венгерской автономии при условии, что венгры останутся верны династии. На самом деле, разрешение народам империи сохранять свои традиционные институты было выгодно, поскольку, как писал Карл,
В отношении армии Карл предпринял несколько мелких реформ и провёл ряд крупных манёвров, но, как и раньше, он решительно противился всему, что могло бы изменить её характер. Так, в марте 1804 г. он говорил Францу, что