Эрцгерцога, если не касаться его личных недостатков, к тому же стесняла непрочность его положения в рамках режима. В частности, Франц очень не любил брата и не доверял военным, может быть, вспоминая о кондотьерах Тридцатилетней войны. В то же время он считал, что Staats und Konferenz Ministerium угрожает его контролю над администрацией, вследствие чего ему быстро позволили выйти из употребления. Более того, многие сделанные Карлом назначения — может быть, и не очень мудрые, особенно в случае его главного штатского помощника, Матиаса фон Фассбиндера (Matthias von Fassbinder), совсем не приветствовались, к тому же его видное положение возбуждало зависть многочисленных генералов и других придворных особ. Ещё больше помех вызвало появление партии войны после возобновления в 1803 г. военных действий между Францией и Британией, так как Карл был убеждён, что Австрии любой ценой следует уклониться от войны. Поскольку Франц был склонен к тому, чтобы выступить против Карла, его вскоре обыграли: в январе 1805 г. гофкригсрат был выведен из-под контроля военного министерства, а через несколько месяцев его главных сотрудников заставили уйти в отставку. Сам Карл остался на посту военного министра, но оказалось, что теперь он лишён какой бы то ни было реальной власти. Реформы не закончились — в 1805 г. перед самым началом войны новый генерал-квартирмейстер, барон Мак, ввёл ряд изменений в тактике и организации — но единственным результатом этого стали беспорядок и путаница, к тому же меры Мака не имели никакого отношения к реальным проблемам; армия, таким образом, неуклонно скатывалась к сокрушительному разгрому.
В плане внутренней политики империи Ульм и Аустерлиц придали реформам новый импульс: эрцгерцоги Райнер и Иосиф вновь подвергли жёсткой критике неэффективность управления и потребовали введения более справедливой системы налогообложения. Хотя Франц почти не обратил внимания на их доводы, 10 февраля 1806 г. он всё-таки, хоть и с определённой неохотой, назначил Карла генералиссимусом австрийских вооружённых сил. Однако теперь Карл в отличие от того, что было в 1801–1805 гг., перестал интересоваться административными делами и вместо этого занялся вопросами качества армии. Так, для улучшения подготовки офицерского корпуса был издан ряд посвящённых тактике брошюр и организован новый технический журнал; был введён в действие новый дисциплинарный кодекс, отказывающийся от жестоких телесных наказаний в отношении солдат и подчёркивающий необходимость мотивировки действий и кастового духа; был сформирован ряд новых батальонов лёгкой пехоты, а третью шеренгу линейных батальонов разрешалось использовать в качестве стрелков; были введены атакующие колонны, а также новое формирование «усиленный батальон» (bataillon-mass), предназначенное для того, чтобы пехота имела возможность манёвра перед лицом вражеской кавалерии; артиллерия подверглась реорганизации, приведшей к снятию с вооружения устаревших полковых пушек и сосредоточению всех орудий в настоящие батареи; была введена система постоянных дивизий и корпусов. Тем не менее все эти меры не имели политических последствий. Ничего не было сделано, чтобы обновить состав офицерского корпуса; система набора в армию не претерпела изменений, если не считать добавления двух резервных батальонов, состоящих из сверхштатных призывников каждого из 46 «германских» пехотных полков; а что касается концепции «нации под ружьём», тут Карл продолжал отрицать необходимость всех видов ополчения и других подобных частей на том основании, что они