Теперь Франция имела и в Египте, и в Сирии лояльные и стабильные режимы. Турецкая армия и флот потерпели при Абукире такое катастрофическое поражение, что более не представляли никакой серьезной угрозы, поэтому мирный договор, подписанный в Дамаске, должен был определить все обозримое будущее. Теперь Франция обладала плацдармом для ведения будущих военных операций в Индии и безопасным сухопутным торговым маршрутом в эту страну. В мае 1799 года во время Серингапатама погиб главный индийский союзник Франции Типу Султан, что положило конец влиянию Франции в Майсуре. Однако французы распространили свое влияние в других районах субконтинента, особенно в Махараштре. На севере Индии вооруженные силы Конфедерации Махараштры включали несколько бригад, сформированных французом Бенуа де Буаном по европейскому образцу. В дальнейшем в Индию были отправлены французские советники, которые в 1800 году вступили в контакт с Конфедерацией Махараштры. Затем последовала военная помощь, которая в конечном счете привела к созданию крупных хорошо вооруженных армий, солдаты которых были обучены французами.
В 1802 году Баджи Pao II, Пешва, наследный правитель Махараштры, был разбит Холкаром Индаурским в битве при Пуне. Пешва был союзником англичан, которые пытались восстановить его правление. Отказ Холкара уступить власть привел ко Второй Махараштрской войне, в ходе которой англичане одновременно вели боевые действия как в Деккане, так и в Индустане. Командовали их войсками соответственно сэр Артур Уэлсли и главнокомандующий генерал Джерард Лэйк. Уэлсли успешно сражался во время памятной кампании на плоскогорье Деккан. Двадцать третьего сентября он, несмотря на тяжелые потери, одержал победу в битве при Ассайе. Еще одна победа, которая последовала в октябре, позволила восстановить власть Пешвы. Однако далеко на севере, в Индустане, генерал Лэйк не был столь удачлив. Армия Махараштры, которой командовал французский авантюрист Пьер Кюлье Перрон, была усилена французскими войсками и обученными французскими инструкторами арабскими частями из Сирии и Египта. Они прибыли в Индию как сухопутным так и морским путем и весной 1803 года объединились в Дели. Летом в двух основных сражениях Перрон разбил генерала Лэйка, в результате чего последний был отброшен на юг. В этой кампании наилучшим образом проявили себя обученные французами арабы, поскольку их кавалерия сыграла решающую роль, вступив в бой с небольшим количеством британских и сипайских драгун.
В конце 1803 года силы Конфедерации Махараштры, которые находились под влиянием Франции, сосредоточились в Индустане. Последующие военные кампании не могли решить исхода войны, поскольку боевые действия в Европе на десять лет лишили обе стороны, воюющие в Индии, каких-либо серьезных подкреплений, и разобщенность сторон только укрепилась. В 1807 году Французский Индустан был официально принят в состав Французской империи.
Однако, возвращаясь к 1800 году, следует сказать, что в это время Франция господствует в Средиземном море, владея Мальтой и угрожая интересам Британии на Сицилии и в Неаполе. Благодаря работе основанных Бонапартом институтов был достигнут прогресс во многих областях. Были разработаны планы осуществления предписаний Статьи 3, мандата, выданного Бонапарту Исполнительной Директорией, в которой говорилось: «…пересечет Суэцкий перешеек».
Теперь Наполеон обратил свой взор к Франции, где политические проблемы и военные поражения могли привести к большим изменениям. Он был уверен, что выполнил все указания Директории и даже сделал больше: Франция теперь владела сильными колониями в Египте и Сирии, в которых было 60 000 французских солдат и еще 15 000 солдат, рекрутированных из местного населения. Турция теперь стала союзницей, а дорога в Индию была в руках Франции. Молодой генерал решил, что настало время возвращаться домой.
22 августа он отплыл из Александрии, оставив Клебера губернатором Дамаска, а генерала Андреосси – губернатором Каира. Его сопровождали начальник штаба Бертье, а также генералы Дезэ, Ланн, Мармон и Мюрат. Особенно трудным было решение взять с собой Дезэ: его грандиозный успех в Верхнем Египте, который стал причиной того, что он получил прозвище «султан», сыграл значительную роль в покорении Египта, но здесь его полководческий талант, скорее всего, не нашел бы должного применения. Тем временем Франция испытывала трудности, и Дезэ мог наилучшим образом реализовать свой талант на родине, сражаясь на полях битв Европы. (Именно такие решения меняют ход истории – в следующем году Дезэ примет участие в битве при Маренго и, спасая французскую армию от поражения, ценой своей жизни вырвет победу для Бонапарта). Наполеон взял и четырех своих адъютантов (Эжена Богарне, Дюрока, Лавалетта и Мерлана), а также Бессьера с отрядом разведчиков. Все пятеро станут в будущем маршалами Франции.