Даже дождь не принес облегчения:
17 февраля Бонапарт с дивизией Боннэ подошел к Эль-Аришу, куда за день до этого прибыл Клебер. Генерал Ланн, который принял командование дивизией Виаля, присоединился к ним на следующий день. 20 февраля после упорного сопротивления Эль-Ариш сдался.
21 февраля войска продолжили свое движение, однако дивизия Клебера, которая шла в авангарде, сбилась с пути, но все же смогла догнать основные силы еще до того, как они подошли к Газе. 24 февраля город был взят без сопротивления. Французская армия, учинив грабежи, оставалась в нем в течение четырех дней, а затем пошла дальше. Первого марта французы остановились в Эр-Рамие, между Яффой и Вифлеемом, в котором остались христиане – мусульмане покинули город. Выступив через двое суток, французы в тот же день подошли к Яффе.
4 марта начались приготовления к штурму города. Несмотря на проломы, которые французам удалось проделать в стенах, гарнизон не принял условий сдачи, и 7 марта в 2 часа дня город был взят штурмом. Взятие Яффы закончилось ужасной резней и грабежами, что было одним из крайних проявлений жестокости за всю кампанию. 8 марта Бонапарт послал в город Эжена Богарне и Круазье, чтобы определить, можно ли восстановить там хоть какой-то порядок. Они возвратились с тысячей пленных, которых уверяли в том, что их обменяют, однако по какой-то неизвестной причине, то ли из-за недостатка продовольствия, то ли из опасения того, что они вновь возьмут в руки оружие, то ли из-за желания произвести впечатление на гарнизон Акры, но Бонапарт всех их казнил.
Именно в это время среди французов началась бубонная чума. Тем не менее армия продолжила свой путь к Сен-Жан-д’Акр (или просто Акр) и захватила порт Хайфа в южной части залива Акр. Французский осадный парк прибыл морем через два дня и был разгружен в течение следующего дня. Вместе с ним высадились 4000 человек пехоты, недавно прибывшей из Франции. По пути в Палестину французская эскадра захватила в плен британского коммодора сэра Сиднея Смита, уничтожив два его корабля. (Сэр Сидней командовал небольшой эскадрой, в состав которой входили лишь пять кораблей. Перед ним была поставлена задача вступить в дипломатические переговоры с Турцией. Захват коммодора и потеря двух кораблей вынудили оставшиеся три корабля прекратить выполнение задачи и сделать попытку прорыва в относительно безопасный Гибралтар.)