В период между июлем и декабрем французы, подавив восстание в Каире и проведя реорганизацию административной системы страны, укрепили свой контроль в Нижнем и Верхнем Египте. Бонапарт привез с собой ряд наиболее одаренных представителей французской научной мысли. Двадцатого августа он издал приказ, согласно которому на следующий день должно было состояться собрание, посвященное «принятию устава и созданию Каирского Института, а также рассмотрению лиц, которые войдут в его состав». На этом собрании был составлен проект документа, опубликованного 22 августа, в котором говорилось:
Институт состоял из четырех отделений: математики, физики, политической экономии, а также литературы и искусства. Именно исследования этого Института стали основой современных знаний о Древнем Египте.
В ноябре французский флот, который больше не беспокоили англичане, вновь доставил значительные подкрепления. Однако еще до этого Бонапарт предпринял ряд инициатив, направленных на улучшение и укрепление своей армии. Наиболее экзотическим стал полк всадников на верблюдах, который был создан после множества экспериментов по использованию в армии верблюдов. В число частей входили медицинские части по эвакуации раненых и транспортные подразделения, созданные Бонапартом в 1799 году.
Кроме того, было сформировано множество иностранных частей. В их число входил отряд туземных проводников, который также называли «ротой Омара», Греческий Легион, который достиг размеров бригады и включал пехоту, кавалерию и артиллерию, и Коптский Легиои, созданный в сентябре 1799 года. Предполагалось, что он будет сформирован из коптов – угнетенного коренного населения Египта, исповедовавшего христианство. Однако удалось набрать весьма небольшое количество добровольцев-коптов, и в основном в состав этого подразделения вошли египетские мусульмане, турки, а также жители Дельты и Верхнего Египта других национальностей. Бонапарт привез с собой и Мальтийский Легион, сформированный на Мальте. Отчасти этот шаг стал мерой безопасности, направленной на снижение потенциальной угрозы, которую могли создать для французских оккупационных сил беспокойные мальтийцы. И наконец, была сформирована рота мамелюков, которая впоследствии стала ротой сирийских конных янычар.
Приступив к созданию системы административного управления Нижнего Египта, Бонапарт поставил перед генералом Дезэ задачу преследовать и уничтожить силы Мурад-бея в Верхнем Египте. Дезэ и Бельяр, который стал его заместителем, получили в свое распоряжение 1000 кавалерии, 3000 пехоты, 100 пушек, флотилию малых речных судов и караван верблюдов. Армия Дезэ, чтобы избежать передвижений под палящим солнцем, была вынуждена совершать переходы лишь ночью. 6 октября у Эль-Лухана они настигли Мурад-бея. На следующий день Дезэ подтянул свои обозы, и ночью французы спали с оружием в руках и заняв свои позиции в каре. 8 октября при Эль-Лухане небольшие силы Дезэ, которые насчитывали 3000 человек, столкнулись с тысячами мамелюков. Когда атака мамелюков была отбита, а потери составили примерно 400 человек убитыми и ранеными, мамелюки стали отходить, а французы перешли к преследованию противника. После этого поражения Мурад изменил свою тактику. Теперь он перешел к нанесению постоянных беспокоящих ударов, совершая набеги на арьергард походной колонны французов и нарушая линии их коммуникаций. Это наряду с преодолением препятствий на Ниле замедляло продвижение армии. Пополнив свои силы приблизительно 2000 хиджасских пехотинцев, Мурад 22 января 1799 года вновь столкнулся с французами. Сражение состоялось у Сабхуда, что в шестнадцати милях к югу от Гирджи. Получив в свое распоряжение дополнительные силы кавалерии, Дезэ нанес тяжелые потери пехоте из Мекки, которая была в составе сил Мурада, после чего египетская армия была разбита и бежала.