После битвы при Сабхуде Дезэ продолжил преследование Мурада, двигаясь через Абидос, Пенерию, Фивы и Гермонтис, вплоть до Сиены, где французы переправились на правый берег Нила. Силы Дезэ оказались здесь 2 февраля, через два дня после того, как отсюда ушли мамелюки. Французы покрыли расстояние в 250 миль за десять дней, и силы их были на исходе. Лишь 4 февраля Дезэ продолжил движение. Оставив у Ассуана Бельяра с 21-й полубригадой, он по правому берегу двинулся на юг. Тем временем 11 февраля Даву встретил противника у Редезеха и, несмотря на песчаную бурю, разбил его. Дезэ продолжал идти на юг и 8 марта вошел в Асьют, где и остался на десять дней. Затем он, пройдя 180 миль вверх по реке, вернулся в Кену, неподалеку от Фив. За период с 4 февраля по 27 марта его войска прошли в общей сложности 550 миль.
Вернувшись в Сиену, Бельяр узнал, что Мурад-бей пытается отрезать его от сил Дезэ, продвигаясь по пустыне в районе Асьюта. В связи с этим в ночь с 24 на 25 февраля Бельяр выступил из Сиены, оставив в районе Кены свою речную флотилию, так как хотел быстро настичь Мурада. 2000 пехотинцев из Мекки под командованием ишана Хассана 3 марта обнаружили флотилию севернее Карнака. Среди прочих судов там находилось «Л’Итали», на борту которой находилось около 200 солдат морской пехоты, 300 раненых и оркестр 61-й полубригады. Судно подверглось ружейному обстрелу и ответило огнем своих орудий. Однако в попытке вывести корабль из-под обстрела капитан посадил его на мель, после чего оно было атаковано и захвачено мекканской пехотой. Было также захвачено несколько барж. Пленные французы были зарезаны. Победители заставили оркестр сыграть, а затем его постигла та же участь.
4 марта Бельяр получил сведения о том, что 6–7 тысяч мекканской пехоты высадились в Кусейре. Это случилось всего через два дня после того, как он узнал о захвате «Л’Итали» и участи ее экипажа. Силы Бельяра переправились на правый берег Нила и двинулись на север. 8 марта, имея в своем распоряжении немногим больше тысячи человек, он в районе Абнуда столкнулся с главными силами противника численностью в 3000 мекканской пехоты и 550 мамелюков. Сражение продолжалось три дня, но французы вновь одержали победу.
25 мая Бельяр выступил из Кены, чтобы, преодолев 150 миль по пустыне, выйти к побережью Красного моря и взять Кусейр. Именно через Кусейр поступали в Египет подкрепления из Мекки, то есть этот небольшой порт имел стратегическое значение. Бельяр взял всего 350 пехотинцев (которые отправились в поход верхом на верблюдах), 400 верблюдов, которые везли запасы воды и продовольствия, а также одну пушку. Отряд сопровождали шестьдесят дружественно настроенных арабов. Захватив 29 мая Кусейр, он оставил в нем для несения гарнизонной службы две трети своих сил и, двинувшись 1 июня в обратный путь, вернулся в Кену через три дня.
К этому времени Дезэ уже взял под контроль Верхний Нил, разместив гарнизоны и опорные пункты вдоль обоих берегов реки.
1799: завоевание Сирии
Установив контроль над Нижним и Верхним Египтом, Бонапарт решил, что настало время расширить свои завоевания. Все чаще поступали сведения о том, что турки готовят вторжение в Египет. Бонапарт решил перехватить инициативу и с 13 000 солдат осуществить вторжение в Сирию. Генерал Боннэ, получив в свое распоряжение 1500 человек и два орудия, 7 декабря 1798 года подошел к Суэцу, имея приказ его взять. Силы вторжения должны были соединиться в районе Карии (Кафих), войска под командованием генерала Легранжа из дивизии Реньера были отправлены туда 23 декабря. Основные силы армии подошли в начале февраля. 6 февраля Реньер получил приказ взять Эль-Ариш. Его авангард прибыл туда 9 февраля. Судя по сообщениям очевидца, условия, в которых совершался переход, были ужасными: