В 2013 году и вплоть до 2018 года была запланирована реформа Государственных академий наук. Проведение этой научной реформы должно было повысить уровень всей российской науки в мире и на это были причины: так в начале 10-х годов Россия окончательно утрачивает свой статус научной державы и выпала из списка 10-ти лидирующих стран мира по науке, уступив место Индии. Обвал рейтинга научного престижа российского государства вызвано негуманными действиями Королевского общества (Великобритания), опубликовавшее 28 марта 2011 года свою оценку состояния научной среды, где говорилось что доля российских учёных в мировой науке в период 2003—2008 составляла менее 2%. Падение научного престижа государства приводило к возрождению понятия деградации в отечественной науке – наука которая, как известно, начала своё возрождение и укрепление с 2006 года. Это могло привести к новому массовому процессу «утечки мозгов», как это было в 90-е годы и с периодичностью продолжалось до 10-х годов 21 века. Поэтому были приняты решения начать реформы, и эти реформы были направлены на улучшение российских институтов и самой системы научного образования. Однако даже несмотря на такие, казалось бы, правильные решения, в обществе было негодование по проведению таких реформ. Особенно были сильны протесты самих российских учёных, которые даже проводили сбор подписей с требованием отменить проведение реформ в адрес президента России. Основной же причиной негодования и критики в гражданском и научном обществе стало то, что в этих реформах присутствовал один неприятный, ещё с реформы здравоохранения, процесс под названием «оптимизация». И именно по ней в реформе институтов должно было предусмотрено сокращение ряда этих российских институтов, а их компетенции и рабочие функции объединить в одну структуру. Под процесс такой «оптимизации» должны были попасть такие крупные академии как Российская академия наук, Российская академия медицинских наук и Российская академия сельскохозяйственных наук. Под этим же в обществе стояла угроза того, что будут закрыты и даже ликвидированы многие образовательные и научные заведения. Это непременно могло послужить росту сокращений работников и привести к безработице. Но однако, учтя мнение общественности, некоторые действия реформ были изменены: так, академии сохранили свой юридический статус и возвращён статус юридических лиц существующим трём региональным отделениям РАН – Уральскому, Сибирскому и Дальневосточному. Также сохранена двухступенчатая система званий членов-корреспондентов и академиков, а право решения, как и когда избирать новых членов РАН, оставлено за РАН. Даже слова «о положении о ликвидации академий наук» и создании некоей новой академии в форме полугосударственной организации, заменены словами «о реорганизации РАН путём объединения с РАМН и РАСХН» – и это самое объединение было как раз основой всей реформы, а изменение фраз в законах послужило тому, что сама идея реформ в обществе стала более понятной. Само это объединение было таким: в России создавалось ФАНО – Федеральное агентство научных образований, которое должно было выполнять функцию контроля работы каждого учебного и научного заведения и органа, что выполняет важную научную функцию для всей страны, с целью повышения общего уровня всей российской науки. А чтобы это было более реализуемой задачей, под юрисдикцию и полный контроль к ФАНО должны были присоединиться все эти учебные и научные организации и заведения. Также под такое объединение должны были попасть многие заведения РАН, но сама эта структура не должна была полностью вливаться в ФАНО чтобы не утрачивать свою научную функцию. К тому же многие заведения РАН закреплены статусом юридических лиц, и даже те заведения РАН, что попали под контроль ФАНО, им была закреплена только функция управления имуществом РАН по решению той же общественности. Так, в окончательный список из 1007 организаций, передаваемых в ФАНО, вошли все организации государственных академий, от научных институтов до ведомственных поликлиник и даже детских садов.
Кроме решения и создания ФАНО и росту её влияния на другие научные заведения, реформы дали другие результаты действий. Так, в 2014 году был принят новый устав Российской академии наук, началось повышение роли грантового финансирования научных исследований (что приведёт к положительной динамике в отечественной науке), был взят курс на омоложение состава РАН и руководства институтов, повышение роли РАН в системе государственной научной экспертизы.