19 декабря 1918 года решением Бюро Центрального комитета Российской коммунистической партии (большевиков) (далее — ЦК РКП (б)) центральным органом по борьбе с контрреволюцией и шпионажем в Красной Армии и на Флоте стал Особый отдел (далее — ОО) при ВЧК, заменив собой Отдел военного контроля РВСР и Военный отдел ВЧК. По соглашению с РВСР начальником ОО при ВЧК был назначен М.С. Кедров.
Приказом № 1 по ОО при ВЧК предписывалось приступить к слиянию на фронте и в военных округах отделений военного контроля с военными отделениями губернских ЧК и организации ОО фронтов, армий и губерний.
Предполагалось в составе ОО фронта иметь организационно-инструкторский, административный, следственный и секретный отделы. В ОО армии отдел по борьбе с контрреволюцией и разведывательный отдел по борьбе с контрреволюцией в составе следующих отделений: секретное, разведки, оперативное и следственное.
3 февраля 1919 года приказом ВЧК № 20 было принято «Положение об ОО при ВЧК», которое 6 февраля 1919 года было утверждено Президиумом ВЦИК.
21 февраля 1919 года Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет (далее — ВЦИК) принимает постановление «Об ОО при ВЧК», которым подтверждает, что борьба с контрреволюцией и шпионажем в армии и флоте возлагается на ОО при ВЧК и закрепляет его двойное подчинение руководству РВСР и ВЧК.
Постановлением устанавливалось, что органами, ведающими активной борьбой с контрреволюцией и шпионажем в армии и в тылу, являются фронтовые, армейские и ОО при губернских ЧК, непосредственно подчинённые ОО при ВЧК.
Фронтовые и армейские ОО вместе с тем непосредственно выполняют все задания РВСР, фронтов и армий, а ОО Губернских (территориальных) Чрезвычайных Комиссий (далее — ГубЧК) — местных военных комиссаров.
В структуре ОО при ВЧК был создан Оперативный (активный) отдел, на который возлагались функции организации контрразведывательной работы, пресечение деятельности контрреволюционных организаций в частях РККА, на предприятиях военного производства и в центральном аппарате Наркомата военно-морских сил РСФСР и РВСР.
К июлю 1919 года заведующий ОО при ВЧК М.С. Кедров создал конфликт с председателем РВСР и членом Политбюро ЦК РКП(б) Л.Д. Троцким, с одной стороны, и не приобрел поддержки у членов Коллегии и Президиума ВЧК — с другой. Учитывая это, 18 августа Организационное бюро ЦК РКП(б) приняло решение утвердить Председателя ВЧК Ф.Э. Дзержинского в должности начальника ОО при ВЧК.
2 декабря 1919 года приказом № 4 была утверждена новая организационная структура ОО при ВЧК. В его структуре появился Секретно-оперативный отдел (штат 86 сотрудников) в составе 5 отделений: регистрационное, оперативное, агентурное, следственное, информационное.
ОО при ВЧК подчинялись фронтовые, армейские и губернские (территориальные) ОО. ОО фронтов и армий имели в качестве органа управления коллегию из 3–5 человек. ОО фронта для проведения агентурного и наружного наблюдения имел в своем составе Активная часть. Структура ОО армии состоял из 2-х частей: общей и активной, которая делилась на агентурное, информационное и регистрационное отделения.
С 19 октября 1920 года при ОО армий создаются организационные части. Штат ОО армии состоял из 32 сотрудников, к ОО было прикомандировано воинское подразделение численностью 150–180 человек.
В период с 22 по 25 декабря 1919 года в Москве прошёл первый съезд Особых отделов. По результатам работы съезда были утверждены штаты ОО фронта и армии. Количество сотрудников в ОО армии увеличивалось до 60 человек и до 80 — во фронтовом аппарате.
Было принято решение о создании Особых отделений в дивизиях. 7 февраля 1920 года во все подчинённые органы была направлена «Инструкция ОО ВЧК по организации и работе дивизионных особых отделов».
Территориальные (губернские) ОО являлись отделами ГубЧК и обеспечивали функции военной контрразведки в воинских частях территориальных ВО. Их деятельность регулировалась «Инструкцией ОО при ВЧК по организации и работе ОО ГубЧК» от 3 февраля 1920 года.
Назначение начальника ОО осуществлялось коллегией ГубЧК, а за ОО при ВЧК осталось лишь утверждение данного решения. Коллегии ГубЧК предоставлялось право контроля всей деятельности ОО, а также расходования финансовых средств по гласным и секретным кредитам. В состав ОО ГубЧК входили активная (оперативная), следственная и регистрационные части.
В 1920 году Волынская ГубЧК издала «Необходимое руководство для Агентов Чрезвычайных Комиссий». Одним из разделов руководства стала «Инструкция наружного наблюдения» (см. п.2.2). Перед инструкцией в руководстве были изложены «Особые замечания к инструкции наблюдения», содержание которых привожу ниже:
«Внешнее наблюдение само по себе является ответственной и трудной задачей, которую разведчик должен исполнить честно, добросовестно не за страх, а за совесть, исполнять возложенные на него поручения с полным самоотвержением потому, что он
Плох тот слуга, который не исполняет велений своего господина.