Аналогичная ситуация сложилась и с младшими агентами КРО, обязанностью которых было ведение НН. Они также подлежали увольнению из-за предыдущей службы в ДП и его местных органах.
Руководство Ставки ВГК пыталось затормозить реализацию указания новых петроградских властей. Исполняющий обязанности начальника штаба ВГК генерал В.Н. Клембовский представил военному министру доклад, в котором подчеркивал, что, хотя жандармские офицеры не пользовались уважением в военной среде, за неимением других специалистов они «являются пока незаменимо полезными работниками в сфере преследования и обнаружения неприятельских шпионов». Однако это обращение осталось без какого-либо ответа.
Руководители штабов фронтов и армий докладывали, что реализация указания министра приведет к тяжелым последствиям. Генерал-квартирмейстер штаба Западного фронта в докладе в Ставку ВГК относительно состояния КРО предупреждал о неминуемом прекращении деятельности контрразведки в случае одномоментного увольнения указанных в телеграмме Гучкова лиц.
Проанализировав поступившие из подчиненных штабов доклады, второй генерал-квартирмейстер Ставки ВГК генерал-майор С.Л. Марков направил на места циркулярную телеграмму, разрешавшую в необходимых случаях оставлять на службе наиболее квалифицированных сотрудников из числа бывших жандармов на период реорганизации контрразведывательных отделений, но не позднее чем до 15 июля 1917 года.
Единственными подразделениями, которые в то время осуществляли НН, остались Наблюдательные отделы в составе Контрразведывательных отделений (далее — КРО). Однако и военная контрразведка подверглась реорганизации.
При этом лицам, служившим в политической полиции (включая наблюдательных агентов), было запрещено служить в органах контрразведки. Это нанесло существенный ущерб отечественным органам контрразведки, так как из них были уволены многие высокопрофессиональные наблюдательные агенты, перешедшие из охранных отделений во время
На их место пришли неискушенные в филёрской профессии новички. Так, в Петроградское КРО на должности младших наблюдательных агентов в марте 1917 года набрали студентов Санкт-Петербургских высших учебных заведений.
23 апреля 1917 года было принято «Временное положение о контрразведывательной службе во внутреннем районе», а 5 мая — «Инструкция по организации и осуществлению негласного наружного наблюдения за лицами, подозреваемыми в военном шпионстве». 2 мая Министром юстиции утверждается «Временное положение о контрразведывательной службе на театре военных действий».
К лету 1917 года структура КРО штаба Петроградского ВО была приведена в соответствие с указанными инструкцией и положением и выглядела следующим образом: в КРО было 6 столов (делопроизводств) и 2 отдела (агентурный, который состоял из негласных сотрудников НН (наблюдательных агентов), и цензурный, который занимался перлюстрацией корреспонденции и имел в своем составе химическую лабораторию для проявления тайнописи.
Когда по ходу разработки какого-либо дела необходимо было прибегнуть к помощи наблюдательной агентуры, то начальником того из столов КРО, следователю которого требовалась эта помощь, заведующему агентурным отделом подавалась служебная записка.
Заведующий ставил резолюцию об установлении наблюдения или производстве установки. Обязанности заведующего агентурным отделом заключались также в том, что он наблюдал за организацией работы по установлению наблюдения или производстве установки, а также следил, чтобы установки были произведены должным образом и по каждому лицу, попавшему в поле зрения агентов НН.
На нем же лежало распределение заданий на наблюдение между агентами, так как не каждому из них можно было поручить ту или иную работу. Кроме того, полагалось проверять работу младших агентов, так как не исключались ошибки с их стороны. Эта проверка производилась путем их тщательного опроса, из которого должно было выясниться, действительно ли агент наблюдал за порученным ему лицом или же нет. Заведующий агентурным отделом мог по собственной инициативе расширить рамки наблюдения либо прекратить наблюдение, если находил, что больше оно не нужно.
По соглашению со старостой младших агентов НН, для организации и ведения наблюдения командировался наряд агентов. Каждый вечер они должны были докладывать о том, что сделано за день. Донесение печаталось на пишущей машинке; все отмеченные в нем новые лица, имевшие общение с наблюдаемым, подвергались обязательной установке.