24 февраля 1918 года коменданту ВЧК Ф.П. Другову было поручено организовать своё отделение разведки, которое будет направлять деятельность бойцов отряда разведчиков, проводящих НН и участвующих в арестах, засадах, облавах и обысках. Отметим, что новая власть отказалась называть агента НН филёром и назвала его разведчиком (внутренним).
10 марта в связи с переездом советского правительства в Москву Исполнительный комитет (далее — исполком) Петроградского Совета принял решение о создании Совета комиссаров Петроградской Трудовой Коммуны (далее — СК ПТК), провозглашенной на территории бывшей Петроградской губернии, в рамках поиска организационных форм создания РСФСР.
17 марта после переезда ВЧК в Москву заведующим бюро разведки Отдела по борьбе с контрреволюцией ВЧК был назначен В.П. Янушевский, а его заместителем — В.В. Артишевский. 18 марта ВЧК постановила организовать подразделение разведки при каждом ведущем отделе, хотя и центральная разведка ещё некоторое время существовала.
В апреле 1918 года Президиум ВЧК принял решение «взять в ведение ВЧК работу по военной контрразведке», а уже через месяц в структуре Отдела по борьбе с контрреволюцией был образован военно-контрольный орган под руководством Я.Г. Блюмкина.
Постановлением Петроградского губернского исполкома от 4 апреля 1918 года Военный отдел Петроградского Совета ликвидировался, а его функции передавались Комиссариату по военным делам ПТК. В результате этих пертурбаций у сугубо гражданского органа власти — СК ПТК, появился контрразведывательный орган, боровшийся со шпионажем.
На этом чехарда в подчиненности органа контрразведки в Петрограде не закончились. 31 марта 1918 года по плану, одобренному СНК РСФСР, Высший военный совет приказом № 23 объявил о создании на европейской территории Республики 6 военных округов: Беломорского, Московского, Орловского, Приволжского, Приуральского, Ярославского. На их формирование направлялись сохранившийся личный состав и имущество старых ВО, а также воссоздавались фронтовые и армейские КРО.
В конце мая 1918 года при Оперативном управлении Наркомвоена был создан Отдел военного контроля (далее — ОВК), как центральный орган контрразведки по борьбе со шпионажем в армии. Основным его оперативным подразделением была Активная часть, которая вела агентурную работу и НН.
Однако логика Гражданской войны, осложненной иностранной интервенцией, оказала на органы военной контрразведки своё отрицательное влияние. Однако органы военного контроля, состоящие в основном из старых специалистов, были не в состоянии обеспечить выполнение возложенных на них задач по борьбе с внутренней контрреволюцией.
Поэтому в июле 1918 года при отделе ВЧК был создан военный подотдел, который уже в ноябре 1918 года реорганизуется в самостоятельный Военный отдел, занимающийся контрразведывательной работой в армии.
К осени 1918 года Отдел по борьбе с контрреволюцией ВЧК стал основной структурой в системе. Он включал военное отделение, занимающееся военной контрразведкой (заведующий В.П. Янушевский). Сотрудники контрреволюционного отдела вели следствие, проводили аресты и обыски, занимались НН и агентурной деятельностью.
Основную работу в отделах по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией органов ВЧК на местах осуществляли следователи, их помощники и оперативные сотрудники, в свою очередь, делившиеся на старших — комиссаров и младших — разведчиков. Оперативные подразделения при ВЧК — стратегического уплотнения и контроля складов — своего следственного аппарата не имели и состояли только из комиссаров с большим штатом младших сотрудников — разведчиков и контролеров.
После образования 2 сентября 1918 года Революционного военного совета Республики (далее — РВСР) все службы контрразведки и подразделения НН были объединены в ОВК при Регистрационном управлении РВСР.
Поводом к ликвидации самостоятельной структуры военной контрразведки послужило вскрытое Вологодской губернской ЧК участие сотрудников Вологодского отделения Военного контроля в переброске в Архангельск в распоряжение союзного командования англо-французских экспедиционных войск бывших офицеров царской армии. О результатах расследования было доложено Председателю СНК В.И. Ленину.
По мнению авторов доклада (М.С. Кедрова и А.Х. Артузова) причины измены крылись в классовом составе сотрудников отдела военного контроля — бывших царских офицеров. Результатом доклада стало решение о проведении ревизии органов военной контрразведки и последующем их слиянии с фронтовыми и армейскими ЧК.
Данный процесс завершился к концу 1918 года, когда представители ВЧК и РВСР пришли к соглашению о слиянии ОВК и его подразделений на местах (включая службы НН) с Военным отделом ВЧК с передачей объединённого контрразведывательного органа в ведение ВЧК. В декабре в структуре ВЧК для производства обысков, арестов и НН был организован Оперативный отдел (далее — Оперод).