«Акелла» объявила о работе над новой частью «Корсаров» спустя полгода после выхода «Проклятие дальних морей». Начав работу во второй половине 2000 года, компания планировала выпустить игру не раньше 2002-го. Когда большая часть игры была готова (осенью 2002 года), Bethesda начала вести переговоры с Disney на предмет издания игры по лицензии фильма «Пираты Карибского моря: Проклятие Черной жемчужины», который должен был выйти на большие экраны. От «Акеллы» требовалось всего лишь немного переписать сюжет, при этом игра по голливудской кинофраншизе сулила не только большие объемы продаж за рубежом и выход на ХЬох, но и звание первой российской компании, которой удалось получить подобный заказ. В результате из игры вырезали возможность выбрать персонажа – мужчину или женщину, интерфейс был переделан с уклоном на консольную игру; были добавлены фэнтезийные персонажи, которые планировались еще для первой части, полностью изменился финал игры, а релиз был приурочен к выходу фильма и сместился на 9 месяцев. За это время разработчики добавили в Storm Engine 2.0 новые функции, заметно улучшив графику, ряд новых локаций, перерендеренные ролики; для ХЬох был оптимизирован игровой движок, что впоследствии позволило запустить PC-версию даже на слабых машинах и в целом обеспечило стабильность работы финальной версии благодаря работе отдела ОА Bethesda и Microsoft.
Несмотря на то, что в новой части была сделана ставка на сюжетную составляющую, а формат «песочницы» сильно урезан (в сравнении с первой), на Западе игра разошлась тиражом 1,5 млн копий, а в России -400 тысяч копий. В связи с тем, что без предварительного согласования с Bethesda и Disney название игры не могло быть изменено, в России «Акелла» и «1C» придумали еще более экстравагантный ход, упаковав «Пираты Карибского моря»
в коробку с названием «Корсары 2».Что касается дальнейшей судьбы серии «Корсары», никто в «Акелле» даже и не думал останавливаться. Поначалу в планах компании был выпуск расширенной режиссерской версии «Пиратов Карибского моря»,
в которую хотели вернуть оригинальный контент, однако от этой идеи быстро отказались, т. к. права на международный бренд «пиратов» принадлежали Disney и подобные попытки, пускай даже в рамках издания исключительно по России, могли бы закончиться в здании международного суда. Так как анонс уже был сделан и быстро разлетелся по всевозможным игровым изданиям, «Акелле» ничего не оставалось, кроме как начать работу над новой частью «корсаров», присвоив ей третий порядковый номер в хронологии серии. Проблема заключалась в том, что большая часть команды, работавшая над предыдущими частями проекта, практически полностью развалилась. Еще одним малоприятным моментом оказалось то, что все ассеты нужно было разрабатывать с нуля, т. к. использование моделей из «Пиратов Карибского моря» не представлялось возможным по вышеупомянутым правовым причинам. Один из разработчиков, который успел прикоснуться к предыдущим играм серии, Юрий Рогач, выделил несколько ключевых моментов, согласно пожеланиям на фанатских форумах: большее количество городов и реальных островов; интерфейс, заточенный под ПК-платформу; отказ от джунглей и побережий; полная свобода действий в противовес сюжетному повествованию из прошлой части игры, а также возможность строительства колоний. Так уж сложилось, что над игрой работала не единая команда разработчиков, а несколько компаний-аутсорсеров, чьей задачей стало создание моделей, роликов и квестов. За несколько месяцев до релиза стало очевидно, что результат, полученный в ходе работы по концепции «лебедь, рак и щука», мало похож на полноценную игру. Тогда «Акелла» в срочном порядке формирует команду «Корсары» из нескольких бывших сотрудников, работавших над проектом «Приключения капитана Блада» (игра так и не увидела свет) и над предыдущими частями игры. В конце 2005 года «1C» принимает решение, что игру необходимо издать как можно быстрее, и в результате этого 9 декабря на прилавки попала игра с номером версии 0.99 в главном меню. Несмотря на высокие оценки от игровых СМИ, в «Корсарах 3» обнаружились многочисленные баги, которые не только мешали проходить игру, но и затрудняли ее запуск.