Период работы над диссертацией (1840-1843 гг.) – время формирования философских, исторических и политических воззрений Самарина, отмеченный не только упорной научной деятельностью, но и его знакомством с концепцией славянофильства и ее основателями А.С. Хомяковым и И.В. Киреевским77
.Однако на тот момент еще поспешно говорить о сформированности у Самарина тех взглядов, благодаря которым он был впоследствии причислен к славянофилам. Он, согласно моде тех лет, увлекся гегельянством. И здесь заслуга А.С. Хомякова, который помог Самарину в своей внутренней борьбе между наукой и верой, когда последний уже был готов отречься от диссертации.
Работая над диссертацией, Самарин определил для себя метод исследования: выявить на примере двух иерархов влияние на православие католичества (Прокопович) и протестантства (Яворский). Исследуя поставленную проблему, Самарин критикует католичество за признание непогрешимости Папы Римского, желание объединить в Церкви духовную и светскую власть, став, по сути, государством, и чрезмерную схоластику, «умерщвляющую» Церковь. Протестантство, по мнению Самарина, лишено положительного содержания, ввиду разобщенности, наличия множества заблуждений и противоречивых мнений, что приводит к отрицанию Церкви как таковой.
В то же время, Самарин обращает внимание, что в отличие от западных вероисповеданий, православие еще не определило себя в научной сфере. Однако он намеревался использовать метод философии Гегеля, примиряя науку и религию, знание и веру78
, пытаясь дать научное объяснение православию. В результате чего он впадает в глубокое противоречие. Исходя из проведенного исследования, перед ним встает выбор в простом отрицании веры, что противоречило всем его убеждениям. Поменяв подход к исследованию, он хочет отстоять истинность веры. В этом ему помог А.С. Хомяков, доказав, что «христианство не наука и наукообразным быть не может», что церковная истина утверждается, а не доказывается, она стоит выше науки. Это положило конец попыткам Самарина дать научное объяснение православию79. Он признает Хомякова своим учителем, и вместе с тем оканчивается период влияния на него К.С. Аксакова, с которым, однако они на всю жизнь сохранили дружеские отношения80. Стоит отметить, до Хомякова на Самарина пытались оказать влияние А.И. Герцен и, в особенности, П.Я. Чаадаев, который симпатизировал будущему славянофилу81, однако их взгляды во-многом так и не совпали. Позже, в 1846 году Чаадаев писал Самарину:«Итак, с первых дней нашего знакомства у меня сложилось определенное мнение о Вас, а именно о благородстве Ваших намерений, ровно, как и о тонкости Вашего ума, которые влекут меня к Вам. К тому же есть множество вещей, которые можно постигнуть только созерцанием сердца, которые являются по сути мерилом нашего бытия в целом. Я очень рад, что предоставлялась возможность сказать Вам то, что я думаю о Вас, и мне отрадно помечать, что я внесу свой посильный вклад в развитие незаурядных способностей Вашей натуры»82
. Эта взаимная симпатия сохранилась вне зависимости от дальнейших идейных расхождений двух мыслителей.В 1844 г. Ю.Ф. Самарин успешно защитил диссертацию, показав свое искусство оратора и полемиста. Это событие, как отметил П.Я. Чаадаев в письме А.И. Тургеневу, получило огласку в научных и общественных кругах Москвы, поскольку Самарин в своем докладе говоря словами Чаадаева: «разрушил все западное христианство и на его обломках возвысил свое собственное, преисполненное высоким чувством народности»83
.Поставленная тема и ее глубокое, кропотливое исследование, а главное – ее выводы вызвали в обществе неподдельный интерес. Из-за критики церковных преобразований XVIII века к печати на диспут была допущена только третья часть работы, посвященная оценке обоих иерархов, как проповедников. Остальные две части были подвергнуты цензуре. После блестящего диспута Самарину была присуждена степень магистра.
Не сложно оценить какое значение для Самарина стало написание диссертации. Как пишет К.Д. Кавелин в некрологе «Уже в этой первой работе показались в полном блеске те качества Ю.Ф. Самарина, которые потом поставили его так высоко в общественном мнении: обширные знания, сильный критический ум, глубокие убеждения, вдобавок редкая способность к выдержанному умственному труду и мастерское перо»84
. Он приобрел богатый исследовательский опыт, познакомился со многими выдающимися людьми, некоторые из которых вошли в его круг общения на всю оставшуюся жизнь, и, самое главное, Самарин, сформировал в себе то направление мысли, которое станет важной частью его дальнейшего творчества.