Французская эскадра стояла растянутой кильтватерной колонной в заливе у берега по линии направления ветра. Французы и мысли не допускали, что противник рискнет вклиниться между ними и берегом. Ведь это означало почти наверняка посадить корабли на мель. Однако головной корабль английской эскадры прошел в узком пространстве между берегом и французским кораблем, за ним последовали еще четыре корабля и бросили якоря против находящихся впереди судов эскадры Брюэ. Из всех английских кораблей только один «Куллоден» сел на мель и не смог до двух часов ночи принять участие в сражении. Все остальные суда, включая два из них, подошедшие в темноте, благополучно заняли свои места против кораблей противника. Одновременно свои остальные суда Нельсон поставил так, что они разместились вдоль противоположных бортов вражеских кораблей. Таким образом, французский авангард и центр оказались под огнем с двух сторон, а арьергард, которым командовал адмирал Вильнев, из-за неблагоприятного направления ветра не смог подтянуться и поддержать корабли Брюэ. В результате семь французских кораблей вынуждены были противостоять тринадцати английским. Французы тут же обнаружили еще одну свою оплошность. Батареи левых бортов их кораблей, обращенные к берегу, оказались загромождены множеством хозяйственных предметов и не могли в полной мере вести огонь.
Первыми залпами противники обменялись в тот момент, когда солнце уходило за горизонт. Затем, как было условленно, когда темнота сгустилась, англичане подняли по четыре фонаря, закрепленные в горизонтальном положении, чтобы можно было отличить своих от французов.
Французы оказались зажатыми между двух огней и сразу же стали нести большие потери. Через полчаса два передовых французских судна уже были выведены из строя. В восемь часов был ранен Нельсон. Через полтора часа прямым попаданием ядра был убит Брюэ, дважды раненый до этого. Еще через полчаса наступил перелом. Взорвавшийся «Ориент» увлек в глубины Абукирского залива не только бездыханное тело Брюэ, но и 600 тысяч фунтов стерлингов в золотых слитках и бриллиантах, которые французы изъяли у Швейцарии и римского папы для финансирования восточной экспедиции Бонапарта. На дно ушли и сокровища, реквизированные французами у мальтийских рыцарей.
Битва продолжалась до утра, замирая временами. Рассвет увенчал полную победу английской эскадры. Французы потеряли свыше 6 тысяч человек убитыми, ранеными и пленными. Потери англичан равнялись примерно тысяче человек.