Прежде чем начать детальную разработку радиотехнических средств комплекса, было необходимо изучить радиолокационные характеристики боеголовок баллистических ракет. Для этого в кратчайшие сроки спроектировали и собрали опытную РЛС “РЭ” с поворотным зеркалом диаметром 15 метров. В марте 1957 года станцию установили на полигоне и летом провели несколько пусков ракет. Станция их уверенно обнаруживала и дала ученым необходимые данные для разработки локаторов точного наведения противоракеты.
Тем временем в СКБ № 30 построили натурный стенд системы “А”, на котором начали отрабатывать взаимодействие всех составляющих. После этого начался монтаж системы в Сары-Шагане.
Радиолокационную станцию обнаружения ракет “Дунай-2” сдали в 1958 году. Она состояла из двух антенн, расположенных на расстоянии 1 км друг от друга. Передающая антенна имела длину 150 м и высоту 8 м, приемная антенна, при такой же длине была выше на 17 м. Летом состоялись испытания этой РЛС по проводке ракет Р-5 запущенных с полигона Капустин Яр.
В 1959 году началось опытное производство противоракет для комплекса “А”, под обозначением В-1000. Первый пуск ракеты состоялся 13 октября 1957 года. На ракете отсутствовала аппаратура наведения и боевая часть, а рули выставлялись в нейтральное положение. Такой пуск ракетчики называют бросковым.
Ракета выполнялась по классической аэродинамической схеме с треугольным крылом и трапециевидными рулями в хвостовой части. Для разгона ракеты использовался стартовый твердотопливный ускоритель с тягой 200 т и тремя стабилизаторами большой площади.
Жидкостный маршевый двигатель с тягой 10,5 т обеспечивал ракете скорость полета 1000–1500 м/с.
Дальность полета ракеты 60 км, досягаемость по высоте до 28 км, вес боевой части -500 кг.
12 мая 1960 года на полигоне начались пуски В-1000 с управлением от ЭВМ комплекса. Затем последовали стрельбы по условным баллистическим ракетам, траектории которых были заложены в память машины на основе экспериментов с РЛС “РЭ”. Наличие в комплексе ЭВМ позволяло решать и обратную задачу: проводить виртуальные пуски противоракет против реальных боеголовок. Для этого достаточно было заложить в машину математическую модель противоракеты. Когда РЛС “Дунай” обнаруживала цель, она выдавала информацию о ней на радиолокаторы точного наведения (РТН), те брали ее на сопровождение, и ЭВМ начинала строить траекторию полета цели. В нужный момент вместо ракеты запускалась ее математическая модель, которая и отрабатывала команды управления. Для того времени это просто фантастические возможности, если учесть, что быстродействие Лебедевской чудо-машины М-40 составляло всего 40000 операций в секунду, что примерно в половину меньше производительности 286-го процессора фирмы Intel.
В реальных пусках все оказалось гораздо сложнее.
24 ноября 1960 года В-1000 впервые вылетела против реальной баллистической ракеты типа Р-5.
Боеголовки у противоракеты не было. Ее место занимала телеметрическая аппаратура. В-1000 прошла вблизи цели и пуск посчитали успешным.
Затем последовала целая серия неудач. 8 декабря сбой в ЭВМ. 10 декабря сбой в автоматике ракеты. 17 декабря “отличился” радиолокатор точного наведения. 22 декабря не сработал оператор станции дальнего обнаружения. А под новый год эстафету отказов опять приняла противоракета. Ракетчики из Капустиного Яра истратили впустую 5 ракет Р-5. В верхах начали поговаривать об ошибках в архитектуре всей системы “А” и неспособности Кисунько решить поставленную задачу.
Новый 1961 год опять начался с неудачного пуска. Но затем полоса неудач прекратилась. Работу комплекса удалось отладить. На 4 марта 1961 года запланировали пуск полностью снаряженной В-1000 по новейшей баллистической ракете Р-12. Станция “Дунай-2” обнаружила Р-12 на дальности 1500 км. Компьютер просчитал траекторию, и в работу включились РТН. После пуска противоракеты произошел сбой в ЭВМ, но его удалось быстро устранить, и на 175 секунде полета противоракета поразила макет боеголовки. Подрыв БЧ произошел на высоте 25000 м. В этот момент В-1000 находилась на 32 метра левее и на 3 метра выше цели. Впервые в мире была перехвачена и уничтожена реальная баллистическая ракета.
Когда о последних новостях с Сары-Шагана доложили Хрущеву, он лично позвонил Григорию Васильевичу Кисунько и поздравил его с успехом: “Это хорошо, что Вы научились попадать своей ракетой в муху в космосе. Но не забывайте, что надо научиться управляться с роями этих мух…”
В дальнейшем система “А” перехватила еще 11 боеголовок и начала использоваться для испытаний новых разработок в области ПРО. Испытывались несколько видов дистанционных взрывателей и тепловая головка самонаведения для противоракеты.