Вооружение класса “воздух-воздух” включает до восьми УР Matra MICA средней дальности с ИК или активной радиолокационной системой наведения. На АПУ, установленных на законцовках крыла, могут размещаются две более старые УР малой дальности класса “воздух-воздух” с ТГС Matra «Magic II». Для борьбы с наземными целями «Rafale» может оснащаться управляемыми авиабомбами типа BGL калибром до 1000 кг, двумя УР AS.30L с лазерным наведением, кассетными планирующими боеприпасами «АрасЬ», тактическим крылатыми ракетами SCALP EG, модифицированными аэробаллистическими ракетами ASMP-A с ядерной боевой частью, а также обычными свободнопадающими бомбами. При действиях по надводным целям на самолете могут подвешиваться противокорабельные УР «Exocet» или более новые сверхзвуковые ANS. Возможна подвеска контейнеров с разведывательным или прицельным оборудованием.
Программа самолета «Rafale» претерпела в ходе осуществления два крупных изменения. Планируемое к постройке число серийных самолетов было уменьшено, но ненамного: ВВС Франции требуется 235 (вначале планировалось 250) новых самолетов «Rafale» D, ВМС — 60 (раньше — 86) палубных самолетов «Rafale» М. Однако была изменена последовательность поступления на вооружение сухопутного и палубного вариантов. Если вначале, когда первые поставки были запланированы на 1992 г., приоритет отдавался ВВС Франции, то после задержек с серийным производством первыми должны получить серийные самолеты ВМС, где истребители «Crusader» требовали срочной замены. Второе крупное изменение касалось соотношения одно- и двухместных самолетов для ВВС. Оно было пересмотрено после войны 1991 г. в зоне Персидского залива, где эксплуатация самолетов «Jaguar» выявила необходимость второго члена экипажа при выполнении задач с использованием высокоточного оружия в сложной боевой обстановке на малой высоте и при большой скорости полета. Если вначале из 250 самолетов для ВВС 225 должны были стать одноместными и лишь 25 двухместными, предназначенными для учебно-тренировочных целей, то по новым планам из 235 машин одноместными будут 95 перехватчиков «Rafale» С, а двухместными — 140 ударных самолетов «Rafale» В.
В марте 1994 г. министерство обороны Франции официально заказало первую партию из 13 серийных самолетов «Rafale», предназначенных, в первую очередь, для проведения эксплуатационных испытаний. Первый серийный «Rafale» В (301) впервые поднялся в воздух 24 ноября 1998 г., а первый серийный «Rafale» М (МОЗ) — 7 июля 1999 г. В 1999 г. последовал второй заказ еще на 48 самолетов, а в 2004 г. — третий на 59 машин. Таким образом, к настоящему времени заказано 120 самолетов «Rafale» (38 «М», 44 «С» и 38 «В»), из них около 50 уже поставлено. Планируется, что закупки истребителей «Rafale» для вооруженных сил Франции продолжатся до 2023 г.
Обвальный рост стоимости программы, сложности с доводкой оборудования привели к тому, что самолеты «Rafale» начали поставляться с “урезанным” составом систем и ограниченными боевыми возможностями. Так истребители первой партии FI (France 1) не имели системы OSF и терминала MIDS; система РЭБ SPECTRA была установлена не в полном объеме; радиолокатор RBE2 не имел режимов “воздух-поверхность”; отсутствовала встроенная пушка; было обеспечено применение УР MICA только с радиолокационной ГСН. Таким образом, истребители этой партии могли использоваться только в качестве перехватчиков. Самолеты партии F2 получили полный комплект систем OSF, SPECTRA и MIDS, радиолокатор RBE2 с полным набором функций и встроенную пушку; вооружение было дополнено УР MICA с тепловой ГСН, кассетами «АрасЬ» и крылатыми ракетами SCALP EG. Производство машин, соответствующих стандарту F2, завершится в 2007 г. Начиная с 2008 г. начнется поставка «Rafale» в варианте F3. Эти самолеты получат РЛС RBE2 с активной ФАР, способной сопровождать до 40 целей и совмещать режимы “воздух-воздух” и “воздух-земля”; нашлемную систему целеуказания; новый разведывательный контейнер «Reco NG» с дневным/ночным оборудованием; вооружение будет дополнено тактическим ядерными ракетами ASMP-A, УР класса “воздух-воздух” большой дальности MBDA «Meteor». Рассматривается вопрос об оснащении самолетов партии F3 более мощными ТРДДФ М88-3 и конформными топливными баками. Фактически только вариант F3 станет полноценным многоцелевым истребителем. На стадии изучения находится комплект оборудования для варианта F4.