Часть судов со 173-м Каменецким и 175-м Батуринским полками и все транспорты снабжения придерживались в резерве и в первых атаках не должны были участвовать. По плану им отводилась позиция южнее входа в Токийский залив на расстоянии уверенной связи. Охрана плавучего тыла возлагалась на «Память Азова», «Адмирал Корнилов» и оба черноморских минных крейсера.
Учитывая весьма мощную береговую оборону противника в проливе Урага, пожалуй, не имеющую равных по числу стволов тяжелой артиллерии, атаковать его планировалось ночью, что исключало возможность ведения противником массированного прицельного огня. Считалось, что в этом случае под прикрытием своих эсминцев и за пробивным кулаком из нескольких цепей прорывателей удастся проскочить в залив с минимальным ущербом.
По данным разведки, значительная часть тяжелых пушек мыса Канон простреливаемыми секторами перекрывает только самую узкую часть пролива Урага и не имеет возможности вести бой с кораблями, подходящими со стороны мыса Миогане, скрытого от них гористыми сопками. Следовательно, препятствовать прорыву созданных там заграждений не сможет.
В этой связи главным препятствием виделись мощные минные поля. Но при их форсировании очень надеялись на свои новые разработки. С их помощью рассчитывали миновать заграждения без потерь в основном корабельном составе и, получив свободу маневра непосредственно в заливе, где мины стояли только на подходах к Йокосуке, уже с рассветом заняться батареями с неудобных для них направлений по хорошо отработанной методике.
В этом непростом деле большие надежды возлагали на новые, более мощные тротиловые снаряды. Кроме того, северные укрепления Ураги расположены достаточно далеко от фортов мыса Канон и укреплений, охраняющих Йокосуку, что позволит выбить их отдельно. Подавление либо разрушение сооружений на мысе Фуцу и насыпном острове позволит навязать бой самым опасным дальнобойным батареям «пушечного мыса», не входя в воды, простреливаемые с острова Сару и других батарей Йокосуки. Таким образом, вся оборона будет давиться поэтапно, позволяя параллельно заниматься развертыванием сил для штурма гаваней самой Йокосуки.
Атаковать Йокосуку планировалось одновременно и из залива, всем флотом с последующей высадкой войск прямо в порту или его ближайших окрестностях, и с суши, силами десанта из Тагоэ. Для достижения этого Небогатов на западном побережье полуострова Миура должен был начать высадку также с рассветом.
Тогда к моменту подавления основных огневых средств на входе в Токийский залив и в нем самом на берегу со стороны залива Сагами удастся накопить достаточно сил для последующего стремительного продвижения в направлении Йокосуки. Это было главным направлением. Одновременно приданным Небогатову полкам следовало наступать и на север для нарушения железнодорожного движения из Токио к Йокосуке, а также с запада, из глубинных районов страны в направлении столицы.
План строился на внезапности самого нападения и дополнительном эффекте неожиданности от применения больших масс пехоты, выходящих к главным целям с тыла, где крепкой обороны наверняка нет. В соответствии с ним после начала высадки предполагалось не кратковременное овладение каким-либо одним выбранным пунктом, доступным с моря, а полномасштабное наступление с целью быстрого окружения и последующего разгрома гарнизона Йокосуки и сил, брошенных ему на помощь.
Причем наступление должно сопровождаться массированным применением армейской полевой и даже осадной артиллерии, выгружаемой с транспортов, по всем правилам, чего ранее Тихоокеанский флот никогда не делал, ограничиваясь горными и десантными пушками непосредственно в атакующих порядках десанта.
Залогом успеха считалась именно быстрота проведения операции, что позволяло достигнуть подавляющего превосходства не только на море, но и по количеству штыков на суше, хотя и локально, только в пределах ограниченного района боев. На разгром Йокосуки и Иокогамы с последующей зачисткой мыса Канон, плотной блокадой с моря Токийской бухты и предъявлением ультиматума отводилось не более полутора-двух суток.
В случае любых задержек в выполнении этого плана противник мог успеть усилить свою армейскую группировку в районе Токио путем подвоза резервов по железным дорогам или мобилизации резервистов и ополчения, воспрепятствовать которому не было решительно никакой возможности (в одном только Токио проживало более полутора миллионов человек).
Исходя из этих соображений, скрытности на подготовительном этапе уделялось самое пристальное внимание. Задерживаться на островах Бонин, дожидаясь своего обнаружения, не собирались. Но вызвать столь нежелательную заминку могла затянувшаяся доставка главного переговорщика, назначенного из Петербурга, ожидавшаяся со дня на день. Против прямой директивы из канцелярии его величества пойти не могли, но, насколько было возможно, подстраховались.