К рассматриваемому времени Гражданская война уже началась, и необходимость контрразведывательного обеспечения войск и прифронтовой полосы уже перестала вызывать сомнения даже у самых ортодоксальных противников оперативной работы. Правда, основным противником в данном случае являлись не иностранные разведки, а спецслужбы внутренних оппонентов, что не могло не создать весьма специфическую ситуацию. Как известно, октябрьский переворот, как его именовали сами большевики, вызывал симпатии далеко не у всех граждан России, и немало из них активно боролись за свержение советской власти. Не составляли исключения и органы военной контрразведки, в значительной степени засоренные противниками режима. Первым сигналом тревоги прозвучало дело подпольной организации “ОК”, в которую входил ряд сотрудников Военно-морского контроля (ВМК) и Регистрационной службы морского генерального штаба (МГШ). Она была совершенно случайно раскрыта на рубеже 1917 и 1918 годов, а ее руководители Р. А. Окерлунд и начальник ВМК А. К. Абрамович были расстреляны. В результате принятых мер по очистке морской контрразведки от контрреволюционных элементов 25 января 1918 года Петроградское морское контрразведывательное отделение и контрразведку Балтфлота ликвидировали, а их задачи передали Отделению военного контроля в Гельсингфорсе, где пока еще базировались основные силы флота. Именно его вместе с другими структурами контрразведки в столице Финляндии позднее негласно проверял первый закордонный агент-нелегал ВЧК А. Ф. Филиппов (“Арский”), в результате чего они были фактически распущены и воссозданы лишь в Петрограде в октябре 1919 года. Обстановка в Военконтроле была не столь скандальной, но, вне сомнения, из-за антисоветских убеждений многих ее сотрудников военная контрразведка в данном виде никак не могла считаться опорой власти, тем более в условиях гражданской войны. Кроме того, сотрудники Военконтроля, как правило, сосредоточивались исключительно на классической борьбе со шпионажем и совершенно не желали участвовать в борьбе с контрреволюцией, полагая ее несвойственной им задачей. Первым на это обратил внимание член ВЦИК В. И. Кингисепп, указывавший в своей докладной записке в ВЦИК, СНК, РВСР и ВЧК: “С тех пор, как изменился характер войны, с тех пор, как она стала гражданской войной, трудно и даже невозможно отличить шпионаж от контрреволюционных действий”[88]
. В создавшейся ситуации это было полностью справедливо и не могло не вызывать тревогу. Нелояльная секретная служба смертельно опасна для любого правительства, поэтому для борьбы с контрреволюцией и не в последнюю очередь для надзора за Военконтролем ВЧК получила указание о создании фронтовых чрезвычайных комиссий, некоторое время работавших в контакте с Иногородним отделом ВЧК. Первая из них была сформирована в соответствии с постановлением СНК РСФСР от 16 июля 1918 года об образовании Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронтеМ. Я. Лацис
Чекисты и ранее подбирались к контролю над армией, при этом менее всего интересуясь борьбой со шпионажем. Еще в марте 1918 года, после рассмотрения вопроса о Региструпре на VII съезде РКП (б), было принято решение изъять из него контрразведку и подчинить ее напрямую совместно Управлению делами РВСР и ВЧК. С этого момента советская военная разведка и контрразведка уже никогда более не объединялись в едином органе. 9 апреля 1918 года Президиум ВЧК поручил одному из отделений Отдела по борьбе с контрреволюцией заняться проведением контрразведывательных мероприятий в военной среде, под которыми в действительности подразумевался контроль за благонадежностью войск, однако на этом этапе дальше пожеланий дело не продвинулось. Одновременно ВЧК пыталась не только внедриться в РККА, но и поглотить существовавшую структуру военной контрразведки. Данный процесс имел объективную основу, поскольку содержание двух параллельных аппаратов для обеспечения безопасности войск являлось действительно непозволительной роскошью. К концу 1918 года это стало очевидным и для чекистов, и для военных. В принципе, и у РВСР и Наркомвоена, и у ВЧК отсутствовали сомнения в целесообразности объединения органов военной контрразведки, однако было пока неясно, кому она будет подчиняться.