Особым отделам была всегда присуща тенденция к автономии, которая периодически проявлялась вплоть до стремления отделиться от ВЧК и стать параллельным ей независимым органом. Уже в момент создания они занимали в структуре ВЧК особое положение и действовали как самостоятельное ведомство, притом зачастую более влиятельное, чем “материнская” структура. Полпред ВЧК в Туркестане Петерс 27 августа 1920 года докладывал: “Положение такое, что 00 не существуют при ЧК в областях и уездах и не исполняют своих прямых задач, намеченных для них ВЧК, а ЧК существуют при особых отделах”[94]
. Это крайне тревожило руководство госбезопасности, отчетливо ощущавшее опасность упразднения системы ВЧК, в особенности на фоне растущего недовольства чрезвычайным характером ее деятельности. Президиум ВЧК акцентировал подчиненность губернских Особых отделов губернским ЧК, но ситуацию это не исправило, более того, усилило определенный антагонизм внутри территориальных органов госбезопасности. До февраля 1920 года Особые отделы даже на уровне губчека имели собственные печати и бланки ордеров на право обысков и ареста. После ликвидации в том же месяце следственного аппарата ВЧК особисты сохранили его в своей структуре. 00 не зависели от коллег даже в поддержке силовыми подразделениями, поскольку 9 сентября 1919 года получили право создавать собственные отряды особого назначения. Более того, они располагали существенно более широкими полномочиями применения смертной казни, даже после ее формальной отмены 17 февраля 1920 года. Следует отметить заметную неравноправность войсковых и территориальных Особых отделов. Например, одновременно с лишением 00 губчека прав на собственные бланки, печать и ордера таковые сохранялись за военной контрразведкой вплоть до уровня дивизионных Особых отделений.Сложившаяся ситуация привела к оттоку мало-мальски подготовленных кадров чекистов из территориальных органов в систему фронтовых и армейских Особых отделов. В результате губернские ЧК практически полностью лишились специалистов по фактически изъятой из их ведения контрразведывательной работе. После окончательно оформившегося разделения контрразведки на военную и территориальную первая из них явно превалировала над второй, не только из-за того, что вражеским шпионаж затрагивал в основном и прежде всего войска и относившиеся к ним объекты, но и ввиду широкого распространения военного положения по территории страны. Поскольку особисты в первую очередь занимались армией, в системе государственной безопасности образовалось множество прорех. В особенности остро это ощущалось в прифронтовых районах, поэтому декрет ВЦИК от 20 июня 1919 года ужесточил систему наказаний. В местностях, объявленных на военном положении, ВЧК и губернские ЧК получили право применять санкции за следующие доказанные преступления против государства и общества, а также против граждан:
1) Принадлежность к контрреволюционной организации, участие в заговоре против советской власти.
2) Государственная измена, шпионаж, укрывательство изменников и шпионов.
3) Сокрытие в контрреволюционных целях боевого оружия.
4) Подделка денежных знаков, подлог документов в контрреволюционных целях.
5) Участие в поджогах и взрывах в контрреволюционных целях.
6) Умышленное уничтожение или повреждение железнодорожных путей, мостов, других сооружений, телефонного и телефонного сообщения, складов воинского вооружения, снаряжения, продовольственных и фуражных запасов.
7) Бандитизм (участие в шайке, составившейся для убийства и грабежей, пособничество и укрывательство такой шайки).
8) Разбой и вооруженный грабеж.
9) Взлом советских и общественных складов, магазинов с целью хищения.
10) Незаконная торговля кокаином.