К рассматриваемому времени руководство ВЧК спохватилось и осознало, что опасаться следует не только излишней самостоятельности Особых отделов, но и несколько неожиданного рвения военных, вполне способных перехватить обеспечение безопасности войск в собственные руки. Дзержинский экстренно начал принимать адекватные меры для восстановления своего влияния, начав с соответствующего постановления Коллегии ВЧК от 25 июня 1919 года. Одиозного Кедрова вскоре убрали с поста председателя УОО, который 18 августа 1919 года по совместительству занял сам руководитель госбезопасности. К этому времени очень своевременно подоспела громкая ликвидация заговорщических организаций “Национальный центр” и “Штаб Добровольческой армии Московского района”, весьма упрочившая авторитет УОО. Затем Дзержинский решился на беспроигрышный ход, получив согласие на ввод в центральный орган военной контрразведки таких видных деятелей, как кандидат в члены Политбюро ЦК РКП (б) Н. И. Бухарин, секретарь ВЦИК А. С. Енукидзе, член РВС 5-й армии И. С. Кизельштейн, член Президиума ВЦИК В. А. Аванесов. В развитие этой практики осенью 1919 года он учредил институт особоуполномоченных УОО, которыми стали бывший нарком финансов, затем генеральный консул СССР в Берлине В. Р. Менжинский, секретарь Малого Совнаркома Я. С. Агранов, заместитель наркома госконтроля К. И. Аандер и ответственные работники самой ВЧК А. X. Артузов и В. Д. Фельдман. При странном равнодушии военных чекисты опять начали “перетягивание каната”, вновь обходя фронтовой уровень руководства местными Особыми отделами, что явным образом нарушало постановления директивных органов, вплоть до VIII съезда РКП (б). В частности, изданная в сентябре 1919 года Инструкция ОО ВЧК по организации работы Особых отделов армий гласила: “1) Армейские особотделы через своих начальников подчиняются во всех отношениях Особотделу ВЧК. 2) В оперативной работе армейские особотделы подчиняются также фронтовым особым отделам… 3) Реввоенсоветам армий армособотделы подчиняются в оперативной работе своей в том же порядке, как и фронтособотделы”[95]
.В ходе кампании по восстановлению юрисдикции ВЧК над Особыми отделами весьма ярко проявилась роль человека, впоследствии оказавшегося одной из самых примечательных фигур в руководстве советских органов госбезопасности. Бывший управляющий делами Высшей военной инспекции Г. Г. Ягода занял пост начальника Управления делами УОО и своей энергичность и организованностью в кратчайший срок сделал буквально невозможное. Он сумел привить в центральном аппарате, а затем и в местных органах военной контрразведки новый стиль работы, а к декабрю 1919 года совместно с заместителем председателя Особого отдела ВЧК И. П. Павлуновским разработал его новую организационную структуру, имевшую более характерный для ВЧК вид:
— Организационное отделение;
— Административное отделение;
— Информационное отделение;
— Секретный отдел:
— Информационное отделение;
— Оперативная часть;
— Агентурное отделение;
— Следственное отделение;
— Регистрационное отделение.