С этого же времени начался процесс разграничения функций центрального аппарата контрразведки и ее местных органов, а также размежевания по экономической, транспортной и иным линиям. С узкой точки зрения интересов секретной службы такой подход являлся разумным и целесообразным, но в конечном итоге он привел к проникновению ЧК и ее преемников во все мыслимые сферы жизни общества. Нечасто встречаются государства, где к компетенции контрразведки относится, например, надзор за выполнением предприятиями производственных планов, однако в СССР в течение долгих десятилетий это было печальной реальностью. ВЧК пришлось заниматься, к примеру, борьбой с хищениями угля и противопожарными мероприятиями на производстве и в быту, а 23 апреля 1921 года Совнарком УССР принял постановление “О создании при ВУЧК чрезвычайной всеукраинской тройки по борьбе с незаконным использованием транспорта и нарушениями правил проезда”. Чекисты занимались вопросами задержек выплаты заработной платы на отдельных предприятиях, обвешивания крестьян при сдаче сахарной свеклы, санитарного состояния столовых и пунктов питания и подобными проблемами, постоянно увязывая их с возможными контрреволюционными проявлениями. Еще 21 октября 1919 года постановлением Совнаркома при ВЧК была создана Особая межведомственная комиссия (ОМК) для изучения и выработки мер борьбы с источниками спекуляции и связанными с ней должностными преступлениями, а 21 января 1921 года ей был придан Экономический отдел (ЭКО) ВЧК, затем ставший управлением (ЭКУ). Позднее его статус был понижен до Экономической части (ЭКЧ), но потом ввиду крайней важности выполняемых подразделением задач вновь повышен до управления. Уже в первые годы существования ЭКУ оно контролировало до 75 % объектов народного хозяйства СССР. Помимо задач борьбы с экономической преступностью, в апреле 1921 года руководство ВЧК попыталось использовать ЭКО для целей оперативного обеспечения возобновлявшихся внешнеторговых операций РСФСР и для этой цели образовало в его составе коммерческо-промышленную разведку, позднее переданную в Иностранный отдел. Бесспорен существенный вклад экономической контрразведки в такие важные сферы, как борьба с фальшивомонетничеством и контрабандой, незаконным оборотом валютных ценностей и защита экономических интересов страны во взаимоотношениях с иностранными партнерами, в том числе при сдаче объектов в концессию.
Развивались и другие подразделения Чрезвычайной комиссии. В феврале 1919 года в ее составе появился Секретный отдел (СО), к функциям которого была отнесена борьба с антисоветскими партиями, политическими группами и организациями. Производство обысков, арестов и ведение наружного наблюдения входило в компетенцию созданного в декабре 1918 года Оперативного отдела (Оперода). Контрразведка как таковая отчасти растворилась в тайной полиции. Постепенно начала обособляться служба наружной разведки. До революции внутренняя агентура и наружное наблюдение являлись двумя наиболее презираемыми большевиками элементами секретной службы, но вскоре после прихода к власти они убедились, что без них никакая оперативная работа невозможна в принципе. Первоначально любые вербовки секретных сотрудников должны были утверждаться Коллегией ВЧК и проводились лично председателем или членами Президиума ВЧК. Уже 17 февраля 1918 года было принято решение о переходе на агентурные методы борьбы со спекуляцией, а 25 (по другим данным, 28) апреля последовало указание об использовании агентурного аппарата по всем линиям работы. Это именовалось внутренней разведкой, то есть приобретением секретных сотрудников из среды участников контрреволюционных организаций или из числа арестованных. Как видим, речь пока шла только о вербовке источников в негативной среде, но не об активном внедрении в нее негласной агентуры.