Новая организация внутренних войск просуществовала недолго. Уже 1 сентября Совет Труда и Обороны РСФСР принял постановление о слиянии с войсками ВОХР на фронтах и в тыловых округах всех остальных войск, предназначенных для охраны, поддержания порядка и обеспечения выполнения распоряжений правительства, то есть караульных, железнодорожной обороны, железнодорожной милиции, милиции и прочих аналогичных формирований. На их базе образовывались войска внутренней службы (ВНУС) с дивизионной, бригадной и полковой структурой. При этом войска внутренней службы, обслуживающие ВЧК и местные ЧК, существовали по особым штатам и строили свою деятельность на принципах, вырабатываемых коллегией ВЧК. Особый статус последних проявился уже 19 января следующего года, когда все войска ВНУС, за исключением железнодорожной и водной милиции, были переданы в военное ведомство. Части и отряды бывших войск внутренней службы, действовавшие по заданию ЧК, а также отряды Особых отделов ВЧК и войска по охране границ вместе с их штабами передавались в ведение ВЧК с исключением из списков РККА. В результате проведенной реорганизации вновь появились войска ВЧК с подчиненной им железнодорожной и водной милицией, сохранившие бригадную и дивизионную форму организации. Командующим войсками ВЧК РСФСР был назначен бывший командующий войсками ВНУС В. С. Корнев.
Органы госбезопасности РСФСР постоянно расширяли свою экспансию. С лета 1919 года Особый отдел ВЧК отвечал за оперативно-чекистскую охрану границы, для чего в его состав были переданы пограничные ЧК, названные после этого пунктами Особого отдела. Принятое 24 ноября 1920 года постановление Совета труда и обороны возложило на него ответственность за охрану государственной границы войсковыми методами и передало в его оперативное подчинение все войска, занятые несением пограничной службы. Менее чем через два месяца после этого охрана границы полностью перешла в ведение войск ВЧК. Далее будет описана неудавшаяся попытка Дзержинского отторгнуть от армии агентурную военную разведку. Но и без этого чрезвычайные комиссии уже к началу 1920-х годов захватили множество ключевых позиций и не собирались останавливаться на достигнутом.
Развитие органов безопасности других вошедших в состав СССР республик, за исключением Украины, происходило аналогичным образом. На территории будущей Белоруссии вначале действовала Минская губернская ЧК, вскоре преобразованная в Белорусскую ЧК, а после образования Литовско-Белорусской республики ставшая Чрезвычайной комиссией по борьбе с контрреволюцией и преступлениями по должности Литвы и Белоруссии. В ее обязанности входило ведение как гражданской, так и военной контрразведки. Последней первоначально ведало особое отделение секретно-оперативной части (СОЧ) ЧК под руководством В. О. Банга. В дальнейшем военная контрразведка стала Военным отделением Особого отдела Минского района Государственного политического управления (ГПУ) Белоруссии.
В азиатской части бывшей Российской империи оперативная обстановка несколько отличалась от европейской. В Туркестане первоначально существовали две следственные комиссии: по борьбе с контрреволюцией и по борьбе с мародерством и спекуляцией. Однако такой дуализм продлился недолго, и 5 сентября 1918 года они были слиты в единую Чрезвычайную следственную комиссию (ЧСК) по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и мародерством. 6 июня следующего года произошла очередная реорганизация, следствием которой стало создание Туркестанской чрезвычайной комиссии (ТурЧК). В ее составе уже через три дня появились Иногородний, Юридический и Хозяйственный отделы. Однако Москва не могла допустить, чтобы органы государственной безопасности Туркменской республики оставались вне ее контроля, и 19 апреля 1920 года ВЧК учредила пост своего полномочного представителя в Туркестане. Формально в его обязанности входила координация деятельности ЧК Сырдарьинской, Самаркандской, Ферганской, Семиреченской и Закаспийской областей. Контрразведка ТурЧК активно проводила внутреннюю разведку басмаческих формирований и боролась с их агентурой, в основном представленной торговцами и священнослужителями. Иностранное влияние в регионе ощущалось преимущественно в финансировании англичанами повстанческих формирований и не поддавалось эффективному пресечению. На Дальнем Востоке основная оперативная работа велась против агентов японской разведки, чаще всего вербовавшихся из числа бывшего персонала Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД) и эмигрировавших с атаманом Семеновым военнослужащих.