Очевидно, что поставленные перед органами безопасности задачи были самыми разнородными, причем в существенной части традиционно относившимися к компетенции органов охраны правопорядка. Их невозможно было решить без соответствующего приспособления внутренней структуры ВЧК, и делать это следовало незамедлительно. Однако реформам всячески препятствовал заведующий Особым отделом Кедров, упорно и последовательно проводивший линию на отделение подчиненной ему структуры от общей системы госбезопасности. Во всех документах он именовал себя не управляющим, а председателем 00 при ВЧК и постоянно подчеркивал свою независимость. Однако Кедров не ориентировался и на военное ведомство, в котором вскоре снискал ненависть своей необычно высокой конфликтностью и приверженностью к репрессивным методам. Весьма быстро выявилась его неспособность возглавлять столь важный в условиях гражданской войны орган. Председатель/заведующий 00 постоянно разъезжал по фронтам в бронепоезде, отмечая свои перемещения повсеместными систематическими расстрелами бойцов, командиров и гражданских лиц. Никакой организационной работы Кедров принципиально не проводил и был решительно настроен на решение поставленных задач исключительно репрессивными методами. Такая практика дезорганизовывала Красную Армию и дискредитировала советское руководство, в связи с чем Троцкий потребовал от Ленина и Дзержинского вернуть начальника военной контрразведки в Москву, угрожая в противном случае арестовать его. Обращение председателя РВСР попало на подготовленную почву. В ВЧК давно знали о профессиональной несостоятельности Кедрова и странностях его характера, а еще более были обеспокоены сепаратистскими тенденциями в системе Особых отделов, поэтому Дзержинский внес в Бюро ЦК РКП (б) предложение об отстранении председателя Особого отдела от должности. К рассматриваемому времени список ошибочных шагов Кедрова существенно разросся. Он не справлялся с руководством местными аппаратами Особых отделов, но вместо делегирования части прав фронтовым ОО поступил диаметрально противоположным образом и замкнул армейские аппараты на Управление Особых отделов. На долю фронтов остались исключительно руководство 00 расположенных в их полосе губчека, контрразведывательное обеспечение учреждений фронтового подчинения и учетные функции. Троцкий и другие лица в высшем руководстве РККА с нарастающим недовольством наблюдали развал системы обеспечения безопасности войск, происходящий в критический для советской власти период, и неспособность ВЧК хоть как-то вмешаться в этот процесс. В конечном итоге РВСР добился фактического вывода руководства Особыми отделами из-под эгиды системы госбезопасности, что в марте 1919 года было закреплено соответствующим решением VIII съезда РКП (б). После этого местные 00 стали подчиняться комиссарам армий и фронтов, а за Управлением Особых отделов ВЧК осталось лишь общее руководство ими. На этом процесс не остановился. Постановление Совета труда и обороны от 13 мая 1919 года передавало всю систему военной контрразведки в ведение РВС различных уровней, а совместное постановление Политбюро и Оргбюро ЦК РКП (б), принятое на заседании 2–4 июня того же года, подтвердило права реввоенсоветов назначать и смещать руководителей Особых отделов. Председатель РВСР Троцкий лично контролировал этот процесс и для его ускорения в конце июня вернул фронтовым 00 ранее принадлежавшие им и отобранные у них функции. Помимо задачи общей оптимизации системы, таким путем он получал возможность поставить на ключевые посты верных ему людей.