Весной 1942 года в структуре войск НКВД по охране тыла Действующей Красной Армии был организован независимый от системы особых отделов чекистско-разведывательный отдел во главе с Б. П. Трофимовым, состоявший из трех отделений: 1-го (Северо-Западное направление), 2-го (Западное) и 3-го (Юго-Западное). Он не дублировался в войсках, а руководил ранее упраздненными и в январе 1942 года восстановленными оперативными органами пограничных войск, составлявших основу войск по охране тыла. В пограничных полках и батальонах по охране тыла были сформированы разведывательные отделения, а в батальонах — группы разведчиков. Все они были выведены из состава штабов и подчинены заместителям командиров по разведке.
Вначале на войска НКВД по ОТ ДКА также возлагалось ведение зафронтовой агентурной работы в интересах обеспечения охраны тыла, а именно выявление разведывательнодиверсионной деятельности противника в тылу Красной Армии, его сил и средств, каналов переброски агентов и резидентов, мест дислокации резидентур, определение объектов заинтересованности противника и по прочим направлениям. Однако такая практика продолжалась недолго и в соответствии с указанием управления войск № 19/9-001483 от 4 декабря 1942 года была отменена. Переброска агентуры через линию фронта прекращалась, ранее заброшенные и возвратившиеся агенты оставлялись в прифронтовой полосе для разработки лиц, имеющих связи за линией фронта, а при продвижении частей действующей Красной Армии осевшие в тылу противника агенты использовались для выявления ставленников и пособников оккупантов, шпионско-диверсионной агентуры и прочего антисоветского элемента. Лишение войск по ОТ ДКА права ведения зафронтовой работы являлось составной частью процесса централизации агентурно-оперативной работы и состоялось вскоре после аналогичного запрета НКО на ее ведение разведорганами армий и фронтов в соответствии с приказом № 00222 от 23 октября 1942 года. Занимавшиеся зафронтовой работой оперативные работники переключались на организацию мероприятий по учету забрасываемой агентуры противника и ее квалифицированному розыску.
5 марта 1943 года статус Управления войск по охране тыла был повышен до Главного управления, а список их задач был установлен окончательно:
— выявление и задержание агентуры противника в тылу фронта, выявление предателей и немецких ставленников в освобожденных районах;
— ликвидация мелких групп или отрядов противника, прорвавшихся или переброшенных в тыл;
— проведение мероприятий по организации прифронтового режима;
— охрана коммуникаций на отдельных участках в полосе тыла фронта;
— охрана армейских приемных пунктов военнопленных.
Приведенный список пополнился всего лишь один раз.
Обеспечение безопасности войск проводилось по множеству направлений. Одним из них стало предпринятое в начале 1943 года весьма важное изменение в системе организации почтовой связи с частями и учреждениями действующей армии, а также строевыми частями военных округов. Контрразведка установила факт регулярного использования абвером захваченной корреспонденции с указанием в адресах незасекреченной нумерации и дислокации воинских частей, что предоставляло противнику важный и вполне достоверный источник информации, который требовалось немедленно перекрыть. По этой причине был издан приказ НКО от