Как видно из приведенного списка, наиболее важная часть оперативной работы в лагерях относилась к разведке и наступательной контрразведке. В разведотделах фронтов и армий пленные, как правило, допрашивались в спешке, зато их дальнейшая разработка в оперчастях лагерей, спецгоспиталях и отдельных рабочих батальонах проводилась в более спокойной обстановке и давала немало полезных результатов. За весь период войны среди военнопленных было выявлено свыше 2 тысяч штатных работников оперативных органов рейха, среди которых оказались бывшие руководители отделов абвера Пикенброк, Бентиве-ньи и Бамлер, высокопоставленные сотрудники СД, ряд бывших военных атташе. Их допросы позволили получить сведения о зарубежных разведывательных сетях Германии и формах и методах работы ее спецслужб. Как и в других странах, германские пленные оказались весьма ценным источником военно-технической и научно-технической информации.
К внутрилагерной работе относилась лишь часть из ранее перечисленных направлений. Однако она была весьма важна, и не только для поддержания порядка в лагерях, спецгоспиталях и отдельных рабочих батальонах. Абвер и СД нередко забрасывали своих агентов в лагеря военнопленных для ведения там оперативной работы. Кроме того, в плен хотя и не часто, но все же довольно регулярно попадали сотрудники германских разведывательных и контрразведывательных органов, зачастую использовавшие документы прикрытия обычных военнослужащих. Их стремились выявлять, что нередко удавалось по слишком новым солдатским книжкам, по указанным в них неоправданно длительным периодам пребывания в запасных, военно-строительных, хозяйственных и других тыловых частях и командах, под которые часто маскировались разведорганы, по сделанным одним почерком записям о службе в различных частях и прочим демаскирующим признакам. Однако разведчики и контрразведчики нередко не просто избегали выявления, но и сами внедрялись в ряды противопобеговой и иной внутрилагерной агентуры. Это приводило к весьма серьезным негативным последствиям. Неопытные лагерные контрразведчики зачастую не могли противостоять операциям сотрудников германских спецслужб из числа военнопленных, проводивших собственные оперативные игры. В результате те создавали свои агентурные сети и захватывали инициативу, расшифровывали агентуру и оперативные мероприятия НКВД, выявляли формы и методы работы его сотрудников, компрометировали лояльных военнопленных, выводили из-под удара некоторых лиц, собирали и переправляли через линию фронта разведывательную и контрразведывательную информацию, организовывали акты саботажа и так далее. Ряд подобных случаев повлек достаточно тяжкие для советской стороны последствия. В результате обобщения приобретенного опыта в 1945 году появилась совместная инструкция ГУПВИ и 1-го спецотдела НКВД СССР о порядке отбора, вербовки, учета агентуры и методике работы с агентами. В ней был обобщен опыт нескольких лет войны и поставлены новые задачи в свете приближавшегося ее окончания и перспективы репатриации части пленных. Агентурный аппарат ГУПВИ разделялся на две неравные по численности категории: агентов для внутрилагерного обслуживания с целью вскрытия проводимой в них вражеской деятельности и агентов, предназначенных в дальнейшем для работы за границей. Следует отметить, что некоторые агенты из числа военнопленных сами выражали готовность продолжать нелегальную работу на СССР и после возвращения на родину, однако к таким заявителям относились с осторожностью и, как правило, их предложения отклонялись. Многие из прошедших отбор и проверку после прибытия в свои страны отказывались сотрудничать с советской разведкой, однако в целом из агентуры оперативных органов УПВИ/ГУПВИ вышел ряд ценных нелегалов КГБ и ГРУ.
В лагерях оперативные органы ГУПВИ вели работу совместно с военной контрразведкой, особенно активной в проверочно-фильтрационных лагерях (ПФЛ), в частности, в розыске военных преступников. Используемые для этого в лагерях силы и средства включали советские оперативные учеты, захваченные документы противника, группы агентов-опознавателей и агентов внутрикамерной разработки, что позволило выявить сотни участников зверств в отношении советских мирных граждан и военнопленных и передать их дела в судебные органы.
Структура оперативных органов УПВИ/ГУПВИ неоднократно пересматривалась и по состоянию на январь 1945 года включала ряд подразделений:
— 1-й отдел:
— 1-е отделение — агентурно-следственная разработка военнопленных генералов и военных преступников из числа генералов и старших офицеров;
— 2-е отделение — агентурно-следственная разработка руководящего состава спецслужб;
— 3-е отделение — работа с иностранными специалистами и техническая разведка;
— 4-е отделение — оперативная техника;
— 2-й отдел:
— 1-е отделение — организация агентурно-оперативной работы и контроль за ее осуществлением среди остальных категорий военнопленных и интернированных;
— 2-е отделение — те же задачи;
— 3-е отделение — организация агентурно-оперативной работы среди военнопленных японцев;