— 4-е отделение — борьба с еврейской националистической контрреволюцией;
— 4 отдел (борьба с церковно-сектантской белогвардейской контрреволюцией; руководство агентурно-оперативной работой и ведение контрольно-наблюдательных разработок по борьбе с повстанчеством в районах РСФСР, а также по кулацкой ссылке):
— 1-е отделение — борьба с церковно-сектантской контрреволюцией;
— 2-е отделение — борьба с белогвардейской и белоказаческой контрреволюцией, разработка антисоветских формирований и руководство агентурно-оперативной работой по трудпоселениям и ссылке;
— 3-е отделение — разработка антисоветских формирований среди сельскохозяйственной интеллигенции и студентов сельскохозяйственных вузов; разработка антисоветского элемента и руководство агентурно-оперативной работой в деревне на территории РСФСР;
— 5 отдел (розыск авторов контрреволюционных листовок, анонимок антисоветского содержания; расследования по заявлениям граждан; информация директивных органов о политических настроениях населения и результатах агентурно-оперативной работы органов НКВД; учет и анализ работы периферийных аппаратов СПО и разработка ориентировок и методических указаний последним):
— 1-е отделение — агентурно-оперативная работа по розыску авторов контрреволюционных листовок, надписей и анонимных документов антисоветского содержания; расследования по заявлениям граждан;
— 2-е отделение — составление информационных документов директивным органам о политических настроениях населения и об итогах агентурно-оперативной работы органов НКВД; учет и анализ работы периферийных органов и разработка ориентировок и выдача методических указаний последним, контроль за информационной работой периферийных органов и составление указаний по ней;
— 3-е отделение — особистское обслуживание системы военкоматов, всеобуча и Осоавиахима; разработка ориентировок периферийным органам по этой линии работы;
— 4-е отделение — агентурно-разведывательная работа по выявлению антисоветских элементов и контрреволюционных формирований в системе местной ПВО, пожарных команд и милиции; разработка ориентировок периферийным органам по этой линии работы;
— Следственная часть.
Как видно из перечисленного, сфера деятельности 3-го управления охватывала практически все аспекты политической жизни общества. Однако она не касалась транспорта и экономики, которые с 31 июля 1941 года при объединении наркоматов государственной безопасности и внутренних дел стали объектами оперативного обслуживания Транспортного и Экономического управлений.
Центральный аппарат Транспортного управления (ТУ) насчитывал 166 человек и состоял из следующих подразделений:
— Секретариат;
— 1-е отделение (вагоны особой нормы и разведка);
— 2-е отделение (оперативный розыск);
— 3-е отделение (специальные перевозки);
— 1-й отдел (железнодорожный транспорт):
— 1-е отделение — воинские перевозки и агентурное обслуживание Центрального управления движения Наркомата путей сообщения (НКПС), военного отдела и отдела планирования перевозок НКПС;
— 2-е отделение — агентурно-оперативное обслуживание оперативных управлений НКПС;
— 3-е отделение — агентурно-оперативное обслуживание хозяйственных, административных и других неоперативных подразделений НКПС;
— 4-е отделение — руководство работой транспортных отделов (ТО) НКВД фронтовых и прифронтовых дорог;
— 5-е отделение — руководство работой ТО НКВД железных дорог;
— 6-е отделение — следственное;
— 7-е отделение — агентурно-оперативное обслуживание Главного управления военно-восстановительных работ НКПС и руководство отделениями ТУ на фронтах;
— 2-й отдел (водный транспорт);
— 1-е отделение — обслуживание центрального аппарата Наркомморфлота и периферии;
— 2-е отделение — обслуживание центрального аппарата Наркомречфлота и периферии;
— 3-е отделение — обслуживание центрального аппарата Главсевморпути;
— 4-е отделение — следственное;
— 3-й отдел (Гражданский воздушный флот (ГВФ), автотранспорт и Гушосдор);
— 1-е отделение — обслуживание ГВФ;
— 2-е отделение — обслуживание Наркомата автотранспорта;
— 3-е отделение — обслуживание Гушосдор;
— 4-е отделение — следственное;
— 5-е отделение — органы Наркомсвязи.
Как видно из перечисленного списка, в военное время работа Транспортного управления была крайне важна для обеспечения устойчивости функционирования транспорта, в особенности железнодорожного. Известно, насколько притягательными являлись его объекты для противника, стремившегося либо собирать информацию о воинских и иных перевозках, либо осуществить на них диверсии. Аналогичная картина наблюдалась и в экономике, без которой, как известно, невозможно успешное ведение вооруженной борьбы. Экономическое управление НКВД СССР насчитывало 165 человек и имело в своем составе следующие подразделения:
— Секретариат;
— Отделение по оперчекистскому обслуживанию охраны оборонных предприятий;
— Учетная группа;
— 1-й отдел (авиастроение);
— 1-е отделение — самолетостроение;
— 2-е отделение — моторостроение;
— 3-е отделение — производство приборов и агрегатов;