— 4-е отделение — Наркомат авиационной промышленности и смежные предприятия;
— 2-й отдел (производство вооружения, боеприпасов, танкостроение, военное судостроение);
— 1-е отделение — вооружение;
— 2-е отделение — боеприпасы;
— 3-е отделение — танкостроение и военное судостроение;
— 4-е отделение — военная химия;
— 3-й отдел (станкостроение, машиностроение и металлургия):
— 1-е отделение — станкостроение;
— 2-е отделение — машиностроение;
— 3-е отделение — металлургия;
— 4-й отдел (топливно-энергетическая промышленность):
— 1-е отделение — электростанции и электропромышленность;
— 2-е отделение — нефтяная промышленность;
— 3-е отделение — угольная промышленность;
— 5-й отдел (военные заказы по текстильной, легкой, пищевой, мясомолочной и бумажной промышленности):
— 1-е отделение — текстильная, резиновая и легкая промышленность;
— 2-е отделение — пищевая, рыбная и мясомолочная промышленность;
— 3-е отделение — лесная и бумажная промышленность;
— 6-й отдел:
— 1-е отделение — центральный аппарат Наркомзема СССР, РСФСР и периферийный аппарат ЭКО;
— 2-е отделение — центральный аппарат Наркомсовхозов СССР, РСФСР и руководство периферией;
— 3-е отделение — центральный аппарат Наркомзага, Управление госрезервов;
— 4-е отделение — обслуживание ВАСХНИЛ;
— Информационное отделение;
— Следственная часть.
Транспортное и Экономическое управления НКВД СССР являлись оперативными и представляли собой необходимые элементы обеспечения безопасности государства в период войны. Их работа обеспечивала защиту объектов от проникновения агентуры противника и противодиверсионное обеспечение, основным элементом которой, помимо технических мероприятий, был тщательный контроль за кадрами. Особенная сложность этого в военное время понятна, поскольку место большинства мобилизованных рабочих и служащих заняли зачастую случайные люди. Это существенно повышало риск инфильтрации агентуры противника, поэтому на особо важных предприятиях кадровая работа была взята под особый контроль. Там были введены должности помощников директоров по найму и увольнению, укомплектованные главным образом офицерами госбезопасности. Они вели работу с агентурно-осведомительным аппаратом на предприятии и по существу являлись там полномочными представителями контрразведки.