Рассказ Мадзента нуждается в некоторых уточнениях, а содержание его мемуаров требует подтверждений из других источников, которыми мы, к сожалению, не обладаем. Из письма Альдо Мануцио нам известно, что Гаварди приехал в Пизу в первых числах мая 1587 года и был представлен великому герцогу в конце месяца, когда тот еще не был болен. Отсюда вытекает, что несостоявшееся дарение 13 томов, если оно действительно намечалось, должно было произойти иным образом, чем в рассказе Мадзента. Из тех же писем Альдо мы знаем, что в начале июня 1588 года Джованни Мадзента после вручения диплома окончательно перебрался в Милан. Другое замечание относится к идентификации 13 томов, украденных Гаварди, которые не могут совпадать с манускриптами, принесенными Галеаццо Арконати в дар Амброзианской библиотеке, потому что в его собрании рукописей уже отсутствовали три книги, отданные братьями Мадзента кардиналу Федерико Борромео, художнику Джованни Фиджино и герцогу Савойи. Кроме того, некоторые книги, попавшие в руки Помпео Леони, были им расшиты, при этом входившие в них листы оказались перемешаны в процессе составления Атлантического кодекса, а их описание, сделанное Мадзента, настолько туманно, что не позволяет провести точную идентификацию.
В связи с этим возникает необходимость дополнить историю, рассказанную Мадзента, сведениями, не вошедшими в его
Из утверждения Ломаццо, приведенного в
Самые красивые рисунки помещались на первых страницах томов с единственной целью поразить зрителя, вследствие чего собрание приобрело беспорядочный характер. Новое расположение листов оказалось губительным и мешало воссоздать развитие мысли Леонардо во времени. На некоторых страницах размещались разные фрагменты, до десяти включительно, когда рисунки и записи находились на двух сторонах листа, для них изготавливались особые окна, чтобы можно было прочитать лицевую и обратную сторону. Большие листы Леонардо разрезались пополам или на несколько частей, поля обрезались, незаполненные, чистые части листа вырезались. Некоторые двойные листы большого формата приклеивались только частично, так как многократное пользование окном большого размера неизбежно приводило к износу его крепления. Свободную часть листа можно было легко отогнуть и так же легко вынести, что и случилось с листом 44 (cx 13 v.a), который оказался впоследствии в Базеле. Своевольное и бьющее на эффект размещение текста приводило к тому, что многие листы дробились на части, отрывались друг от друга по содержанию. Эта огромная книга получила название Атлантического кодекса, потому что на жаргоне производителей бумаги листы размером 65×44 см, использованные Леони, употреблялись прежде всего для изготовления географических атласов. Под этим именем она упоминается уже в 1780 году в
Во время реставрации в шестидесятые годы XX века в лаборатории Гроттаферрата страницы Атлантического кодекса отделили от старого переплета и переплели заново, соблюдая старую последовательность листов. Они были пронумерованы по отдельности общим числом в 1118 листов, собранных в 12 томах. На реставрационные работы было затрачено 17 миллионов лир, что равняется, примерно 200 000 евро, выделенных итальянским правительством. Эта огромная книга, содержащая самое обширное собрание записей и рисунков Леонардо, первоначально носила обложку из красной кожи с наименованием, повторяющим запись в акте дарения Арконати в Амброзианскую библиотеку:
РИСУНКИ МАШИН И / ТАЙНЫХ ОРУДИЙ / И ДРУГИЕ ВЕЩИ / ЛЕОНАРДО ДА ВИНЧИ / СОБРАННЫЕ ПОМПЕО ЛЕОНИ