Первый номер «Софии» вышел 11 декабря, а не в ноябре, как было объявлено в газетах. Одна из причин, задержавшая выход журнала, заключалась в том, что долго не мог решиться вопрос, кто должен выдать разрешение – ярославский губернатор или московский градоначальник (журнал считался московским, но печатался в Ярославле). Некрасов писал Муратову 11 ноября 1913 года: «Лично Вам, вероятно, удастся тут же выяснить, выдаст ли нам градоначальник свидетельство или нет. Если нет, мы же немедля обратимся к директору главного управления по делам печати гр. Татищеву; наш губернатор, его двоюродный брат гр. Татищев Дм<итрий> Ник<олаевич>, обещал всякое содействие. Примите все меры, чтобы скорее получить разрешение или отказ, всё дело в этом. Имейте в виду, что «Русская мысль» издаётся в СПб-ге, а печатается в Москве у Кушнеров».
Журнал «София».
Однако в управлении печати было отмечено, что местом выхода периодического издания считается место его печатания, и свидетельство было выдано всё же ярославским губернатором.
В конце ноября Муратов вместе с женой Екатериной Урениус приехал в Ярославль «расклеивать номер». Судя по письму Бориса Зайцева писателю Ивану Новикову от 5 декабря, в те дни в Ярославле было весело: «Я пробыл в Ярославле два дня. Один день мы с утра осматривали церкви. Многое меня удивило и поразило. В некоторых отношениях я не видал ничего подобного на Западе. Церковь Иоанна Предтечи вся сплошь записана фресками! И это всё настоящее искусство. Каждую фреску можно рассматривать отдельно, не говоря уже об эффекте целого. Вечером Паша, конечно, бушевал за красным вином. Он живёт сейчас у Некрасова, выпускает первый номер «Софии», днём бывает мрачен и трудолюбив, вечерами ярится».
А красное вино, за которым в Ярославле «ярились» сотрудники и авторы издательства, то самое, со знаменитого Карабихского винного завода, которое воспевал ещё поэт Некрасов.
«Софии» удалось выйти несколькими месяцами раньше, чем «Русской иконе». Первый номер журнала открывался программной статьёй Муратова «Возраст России»: «В заботах о будущем мы не раз обольщались мыслью начать всё сначала, как начинают страны молодые, страны без прошлого. Но в России нельзя не ощущать прошлого, не будучи ей чужим, так же как нельзя не ощущать прошлого и быть достойным Италии. Сознание важности и древности теней, всё ещё витающих над опустошённой Русью, – вот первое, чему учат нас новые художественные открытия».
Первый номер журнала открывался мозаичным изображением Софии.
Сотрудники «Софии» ревниво относились к петербуржцам, и те отвечали им взаимностью. 7 января 1914 года Некрасов писал Муратову: «Сейчас узнал весёлую новость. Из Питера с учительского съезда вернулся наш сотрудник. Слышал о «Софии». Говорят о ней много и считают событием в литературном мире. Меня поругивают: как смел после Думы взяться за столь аристократическое дело».
Начало XX века.