Революция заметно ускорила упадок французского масонства, начавшийся еще в середине 80-х годов. В 1792 г. оставалось всего несколько лож. Во время якобинской диктатуры ложи рассматривались революционерами как секретные союзы аристократов и контрреволюционеров. До 1794 г. «Великий Восток» еще продолжал функционировать. Однако деятельность всех лож, подчинявшихся как «Великому Востоку», так и Великой ложе, почти совсем замирает, вплоть до установления режима Директории. В немецком «Масонском справочнике» за 1794 г. прямо указывалось на полное прекращение всех форм деятельности масонов во Франции15
.Локальные исследования позволяют уточнить эти выводы. Так, изучение судеб масонства в Тулузе показывает, что аристократические по своему составу ложи значительно более быстро сошли со сцены, чем буржуазные. Если учесть, что более 100 тулузских масонов было арестовано и по меньшей мере 37 из них отправлено на гильотину, трудно представить себе, что они руководили революционными событиями в городе. Тулузские масоны явно примкнули к разным политическим группировкам, что исключало возможность каких-либо согласованных действий членов ордена16
.Во время якобинского террора в Лионе среди осужденных было немало масонов. Главе лионских мартинистов Ж. Б. Вилермозу в феврале 1794 г. удалось бежать из города и скрыться в деревне. В Лион он вернулся только через несколько месяцев после 9 термидора, в октябре 1794 г.
К концу революционного периода орден, хотя и восстановивший после переворота 9 термидора свою организацию, находился в сложном положении. Многие республиканцы считали ложи прибежищем роялистов, а среди термидорианцев и монархистов разных толков появились сомнения, не являются ли масонские собрания прикрытием для якобинцев. И те и другие подозрения были неосновательны. Симпатии большей части масонов тяготели к тому же политическому курсу, которому отдавали предпочтение наиболее влиятельные круги буржуазии.
В годы французской революции началось преследование масонов во многих европейских странах. Консервативная печать в Германии, особенно известный журнал «Эдемония», утверждала, что Орден иллюминатов продолжает тайно свою разрушительную деятельность. Многие масоны (например, И. А. Штарк) не только резко обличали революцию, но и подвергали в этой связи осуждению свои прежние «заблуждения». Так, в одном из сочинений этих лет (в котором, между прочим, предлагалось масонам создать Орден рыцарей лучших времен) доказывалось, что невозможно достичь прогресса человечества с помощью «потрясений, борьбы и разрушений». Даже если таким путем народы и добиваются лучшего положения, то это отделяет их от бога, погружает в пучину варварства, которого они избегали при менее благоприятных условиях17
.В 1794 г. полиция Габсбургов выследила несколько групп якобинцев, главные из которых находились в Венгрии, а также в Вене. Организатор венгерской группы Мартинович широко использовал «технику» построения секретных обществ, рекомендованную иллюминатами. Одно из организованных им обществ предполагало вербовать в свои ряды венгерское дворянство с целью подготовки войны за национальную независимость, а второе общество должно было воспользоваться успехами в этой войне и ликвидировать феодальный строй в Венгрии. Церемонии и символы венской группы отражали сильное влияние масонов и иллюминатов. Схваченный одним из первых, Мартинович дал подробные показания, после чего последовали многочисленные аресты. Девять человек были приговорены к смертной казни, другие — к длительному тюремному заключению.
В 1795 г. император Франц распространил действие законов, карающих за государственную измену, на секретные общества. Через пять месяцев он предписал закрыть все масонские ложи. В апреле 1801 г. всем правительственным чиновникам, священникам и школьным учителям было приказано дать клятву в том, что они не принадлежат к какому-либо секретному обществу (это требование в феврале 1806 г. было распространено и на выпускников университетов)18
.В Испании и Португалии преследование масонов было поручено инквизиции. В 1794 г. масонские ложи были запрещены в Савойе. В Неаполе бывшая покровительница масонов королева Мария-Каролина превратилась в их ярую ненавистницу, а после того, как отдельные члены неаполитанских лож пытались использовать их для революционной пропаганды, начались аресты масонов, трое из которых были казнены в октябре 1794 г. Сотрудничество некоторых масонов с французами во время занятия ими различных районов Германии, Бельгии и Италии стало приводиться в качестве свидетельства, что все Братство является союзником якобинцев.
В 1799 г. произошло торжественное объединение «Великого Востока» и Великой ложи (правда, в 1806 г. возник новый раскол, который стал полным в 1814 г.). Почти одновременно переворот 18 брюмера привел к замене Директории Консульством, а потом империей. Революция серьезно изменила социальный состав возрожденного масонства — исчезла его аристократическая часть, осталась буржуазная.