Теперь эти две группы объединились под эгидой Роберта Сесила в непростой союз, который отражал их совершенно разные интересы. Лондонские инвесторы, или инвесторы Первой колонии, хотели иметь постоянную базу в тех же широтах, что и земли Средиземноморья, где они могли бы производить красители для суконной промышленности и получать доступ к другим товарам этого региона: винам, смородине, сахару, специям, шелку и другим предметам роскоши. Купцы Второй колонии искали постоянное место, чтобы вести круглогодичную торговлю рыбой, пушниной, древесиной для строительства кораблей и железнодорожным маслом, получаемым из китовой и тюленьей ворвани и используемым в суконной промышленности. После заключения мира с Испанией ожидалось, что оживленная торговля с Пиренейским полуостровом и остальным Средиземноморьем, доступ к которому осуществлялся через Гибралтарский пролив, возобновится. В 1605 году был составлен новый устав Испанской компании, членами которой стали более 550 купцов из Лондона, Бристоля, Эксетера, Плимута и других городов и портов. Но в 1606 году эта компания распалась, разрушив надежды купцов, готовых возобновить торговлю со Средиземноморьем. Это означало, что планы создания колонии в Виргинии приобрели новое значение.
Учитывая огромное количество инвесторов, указанных в уставах Испанской и других компаний, поражает, как мало имен зарегистрировано в уставе Виргинской компании: всего восемь, и ни один из них не был ни крупным купцом, ни крупным придворным. Первая колония была зафрахтована Ричардом Хаклюйтом - явное вознаграждение за его многолетнюю защиту Виргинии, а также Джорджем Сомерсом, капером, и двумя солдатами, сэром Томасом Гейтсом и Эдвардом Марией Уингфилдом. Вторая колония была зафрахтована Рэли Гилбертом, сыном сэра Хамфри, а также Джорджем Попхэмом и Томасом Хэнхэмом, племянником и внуком сэра Джона, соответственно, и Уильямом Паркером, капером, бывшим мэром Плимута и инвестором колониальной экспедиции Уэймута в 1605 году. Однако эти люди не были настоящими организаторами и владельцами предприятия. Семь месяцев спустя стали известны имена истинных архитекторов Виргинской компании. В ноябре Джеймс издал "статьи, инструкции и приказы" для установления "доброго порядка и управления" двумя колониями, а вместе с ними создал королевский совет из четырнадцати "надежных и любимых" джентльменов, которые должны были от его имени управлять Виргинией.
Совет короля Виргинии, как его называли, представлял собой серьезное изменение в способе управления колониальными предприятиями. До этого Елизавета подходила к иностранным предприятиям с осторожностью. Она не выработала четкой стратегии, предпочитая поддерживать отдельных людей и их частные предприятия, а не активно продвигать свое собственное видение. Теперь Джеймс дал понять, что намерен действовать по-другому. С помощью королевского совета Виргинская компания и ее колониальные предприятия были преобразованы в национальное предприятие, напрямую связанное с королем, а его члены стали новыми лидерами в обществе. Среди них были сэр Уолтер Коуп, представлявший сэра Роберта Сесила, и сэр Фрэнсис Попхэм, представлявший своего отца, который страдал от болезненных камней в почках и был не в состоянии посещать регулярные собрания. Среди королевских слуг было несколько человек, в том числе сэр Фердинандо Горджес, Томас Уэст, одинокий дворянин, третий барон де Ла Варр, и сэр Уильям Уод, командовавший лондонским Тауэром. Кроме того, среди купцов было три ведущих члена Ост-Индской компании: Уильям Ромни, Джон Элдред и сэр Томас Смайт.
Назначение Смайта в Совет короля положило начало удивительной перемене в его личной судьбе. Большую часть двух лет он томился в тюрьме, будучи ошибочно обвиненным в участии в попытке свержения Елизаветы. Он получил свободу только после смерти Елизаветы в марте 1603 года, а два месяца спустя Джеймс посвятил его в рыцари, по иронии судьбы оказавшись в Тауэре, где он провел так много времени. После этого он был восстановлен в должности управляющего Ост-Индской компанией и еще больше вошел в коммерческую и политическую жизнь Англии, будучи назначенным специальным послом в Россию. Он провел там десять месяцев и вернулся домой с триумфом, добившись новых торговых привилегий для Московитской компании. Он вернулся в Англию на фоне возобновившегося ажиотажа вокруг Виргинии.