В толковании сутры I.1.16, где выводным знаком ума-манаса называлась лишь неодновременность чувственных восприятий, Ватсьяяна утверждает, что объем действия этой ментальной способности значительно больше, поскольку включает ее участие в памяти, умозаключениях, рецепции словесной информации, сомнении, интуиции, сновидениях, равно как и во всех внутренних восприятиях (отличных от функций индрий), начиная с ощущений удовольствия, страдания и т. д. В результате он создает из весьма скромного исходного материала системную концепцию «внутреннего ментального органа». Отражения этой концепции обнаруживаются в толковании сутры III.1.17, а также IV.1.55 — во втором случае при обосновании положения сутракарина о том, что удовольствие как таковое при всей его ограниченности отрицать все же нельзя, автор «Ньяя-бхашьи» указывает, что оно познаваемо каждым существом посредством «внутреннего чувства» (pratyātmavedanīya).
Аналогичным образом, опираясь на сутру III. 1.14, где указывается, что память — атрибут Атмана, Ватсьяяна создает концепцию памяти. Если бы она принадлежала индриям, то мы бы вообще не могли ее объяснить, так как конфигурации ощущений постоянно разрушаются, а память предполагает устойчивый сознательный субстрат. Помимо этого оппонент сутракарина не понимает, что есть память. Она не есть просто осознание: «Это — такая-то вещь», но факт сознания: «Я знал эту вещь», т. е. факт не только отражения, но и рефлексии, и ее объектом является не вещь как таковая, но вещь как познанная мною. Иными словами, феномен памяти объясняется как доказательство авторефлексии сознания, ибо вспоминается не только вещь, но одновременно и мое воспоминание о ней.
Учение о памяти как явлении сознания, предполагающем перманентное авторефлектирующее
1.5.
Наконец, иногда в «Ньяя-бхашье» генерируются и целые теории, в частности в тех случаях, когда полемические пассажи сутракарина заостряются комментатором методом reductio ad absurdum, в результате чего изначальный тезис ньяи преобразуется в последовательную систему аргументации.Так, возражая против базового «догмата» мимансаков относительно природной связи между словом и его референтом, автор «Ньяя-бхашьи» в толковании сутры IV.1.54 задает им саркастический вопрос: как осуществляется данная связь — путем движения референта к слову или в обратном направлении? Если первым путем, то когда кто-то произносит: «Еда», его рот должен сразу наполниться пищей, а если вторым, то, поскольку слова локализуются в органах речи, а референты — где угодно, ни одно из них не будет произнесено. Сказанное позволяет ему уточнить и то, что собой представляет конвенциональная связь между ними, которую отстаивают найяики, а также вайшешики: это некоторое предписание, «относящее» слово к его референту, без понимания которого невозможно словесное знание, и потому даже те, кто признает божественное происхождение языка, не обходятся без грамматики (толкование к IV.1.56).
Аналогичным образом замечание сутракарина в IV.2.25 о том, что допущение существования у атомов частей ведет к регрессу в бесконечность, побуждает комментатора задуматься над тем, чем же, собственно, этот регресс так плох. Оказывается, если признать, что всё имеет бесконечное множество частей, то мы не сможем понять, каким образом мы различаем размеры или вес вещей, а часть и целое будут иметь равные размеры, и потому всё «сольется» (типологические параллели с апориями Зенона здесь очевидны).