Причем эту инструкцию Особый Комитет сумел утвердить у царя. Очевидно, Николай подписал ее вынужденно, учитывая условия международной политики. Но… сам-то он считал иначе. И очень может быть, что негласно он поощрил Невельского к нарушению инструкции. Уже вдогон, по дороге в Сибирь, послал ему указ о новом повышении, в капитаны I ранга. В Иркутске моряк обсудил с Муравьевым, что делать. Он уже побывал на Амуре самовольно и был за это награжден. Производством в капитаны I ранга царь еще раз подчеркнул, что благоволит к нему. А в прошлом путешествии стало ясно, что никакой китайской администрации на Амуре нет. И вообще китайского населения нет! Эти края лежали пустынными, там кочевали по тайге лишь мелкие общины гольдов, гиляков, манегров.
Решили рискнуть. Уже весной 1850 г. Невельской в Аяне принял командование над судном «Охотск». Задачу, поставленную в инструкции, он выполнил, в июне в заливе Счастья основал поселение Петровское. Но оно предназначалось не только для торговли, а стало базой для следующих экспедиций. Отсюда Невельской отправился дальше. Вошел в устье Амура, построил здесь Николаевский пост. 1 августа торжественно поднял русский флаг и собственным приказом, но «от имени Российского правительства» объявил, что «весь Приамурский край до Корейской границы с островом Сахалин составляют Российские владения». И «никакие самовольные распоряжения, а равно обиды обитающим инородцам, не могут быть допускаемы» – отныне они находятся под властью царя.
На Николаевском посту Невельской оставил гарнизон из 6 матросов, а сам вместе с Муравьевым выехал в Петербург. Докладывать. И отдуваться. С подачи Нессельроде Особый Комитет взорвался от негодования. Прямое нарушение инструкций было квалифицировано как дерзость, чуть ли не бунт. Царю представили доклад с предложением разжаловать капитана в рядовые матросы. Но Николай Павлович лично принял Муравьева с Невельским. Назвал поступок моряка «молодецким, благородным и патриотическим», наградив его орденом Св. Владимира. А на докладе Особого Комитета написал резолюцию: «Где раз поднят русский флаг, он спускаться не должен».
Дальнейшие споры с Особым Комитетом Николай Павлович пресек. Назначил его председателем наследника престола Александра Николаевича. Дальневосточная политика была официально пересмотрена. Действия Невельского признали правильными, нижнее Приамурье объявлялось под наблюдением и охраной России – до окончательного пограничного урегулирования с Китаем. Новых постов и населенных пунктов решили пока не строить, но и иностранцам не позволять закрепляться в этих местах. Невельского назначили начальником экспедиции, выделили ему дополнительно 2 офицеров, 60 матросов и доктора. Первооткрыватель как раз женился, молодую супругу тоже взял с собой.
С 1851 г. экспедиция обосновалась в Петровском. Отсюда совершали походы летом по воде, зимой – на оленях и собаках. Бывало, что терпели голод, лишения, но подтверждалось, что китайцев нигде нет, а южнее Амура обнаружили даже «дикие» русские поселения. Невельской и его подчиненные вели переговоры с местными жителями, устанавливали над ними российскую власть, обещая им защиту. Даже начали обращать их в христианство. Исследовали Амурский край, сделав еще ряд открытий. Так, на всех картах обозначалось, что хребет Малого Хингана от верховий р. Уды поворачивает к северо-востоку. А подпоручик Орлов обнаружил, что он уходит к юго-западу. Но именно этот хребет считали самыми вероятными «Каменными горами» в Нерчинском договоре. Появился обоснованный повод потребовать его пересмотра.
Действительно, китайцы никогда не осваивали Приамурье. Позже выяснилось, что на Амуре городок у них все-таки был, но только один, Айгунь, для торговли с местными племенами и сбора с них дани. Империя Цин совершенно захирела. А вдобавок в 1850 г. на юге Китая началось мощное восстание тайпинов, охватило области с населением 30 млн человек. В войне с ними англичане и французы объявили нейтралитет, но исподволь поддерживали восставших, ведь это способствовало дальнейшему расшатыванию империи. Так что ей было совсем не до русских. Деятельность экспедиции Невельского подтверждала, что все опасения Нессельроде – мыльный пузырь. На появление наших моряков на Амуре Китай никак не реагировал, никаких протестов не последовало.
В 1853 г. Невельской был пожалован в чин контр-адмирала, получил права губернатора. На Амур послали уже больше сил, и летом 1853 г. было построено сразу несколько постов. Александровский – в бухте Де Кастри, Константиновский – в бухте Императорская гавань, Мариинский – на берегу Амура. Там расположились отряды солдат с пушками. Муравьев предложил и первый проект Транссибирской железной дороги, однако Сенат отклонил его – дело было слишком дорогим. Но план создания Амурского казачьего войска царь одобрил, началась подготовка к его реализации.