Начальником сухопутной обороны крепости был назначен командир Седьмой Восточно-Сибирской стрелковой дивизии генерал-майор Кондратенко. Всеми резервами руководил командир Четвертой стрелковой дивизии генерал-майор Александр Владимирович Фок. Общее руководство обороной крепости формально должен был осуществлять генерал-лейтенант Смирнов, но фактически верховное командование находилось в руках бывшего начальника Квантунского укрепленного района генерал-лейтенанта Стесселя.
Несмотря на все колоссальные работы по укреплению Порт-Артура, существенные недостатки в его обороне, очевидные и ранее, так и не были устранены. На это просто не хватило времени. За пять месяцев нельзя сделать работы, рассчитанные на пять лет.
Это касается оборонительной линии, слишком тесно примыкающей к городу и гавани. Форты были удалены от них на полторы, максимум три версты, при нормальном пределе удаления не менее четырех верст. Через пять месяцев после первой атаки японцев Порт-Артур не мог служить базой флоту. Артиллерия противника накрывала весь город и внутренний рейд.
Известие о нападении японцев на Порт-Артур, гибель «Варяга», объявление правительством микадо войны буквально поразило, всколыхнуло всю Россию. Войны никто не ждал. Подавляющее большинство русских людей имело самое смутное представление о Маньчжурии и делах, происходящих там.
Повсюду говорили, что на Россию напали и надо дать врагу отпор. В Петербурге, а затем и в других городах сами собой возникали давно не виданные уличные патриотические манифестации, в которых принимали участие и студенты. В университете состоялась сходка, завершившаяся шествием к Зимнему дворцу с пением «Боже, Царя храни».
Однако не все поддержали этот порыв. На общем фоне выделялись высшие женские курсы. Барышни на бурной сходке заявили чуть ли не единогласный протест против молебна о даровании победы, который хотел отслужить в здании курсов совет профессоров. Поползли слухи, что курсистки направили приветственную телеграмму императору Японии. В Баку же революционерами была брошена бомба в армянское духовенство, служившее молебен о победе.
Оппозиционные круги оказались застигнутыми врасплох. Они рассчитывали на массовые акции протеста против политики российского правительства, но ошиблись. Земские и дворянские собрания, городские думы принимали верноподданнические адреса. Земские деятели на совещании в Москве постановили прекратить провозглашение всяких конституционных требований и заявлений. Это решение мотивировалось патриотическим подъемом в стране, вызванным войной.
За границей к войне отнеслись по-разному. Англия и США стали на сторону Японии. Президент Рузвельт на всякий случай предупредил руководство Германии и Франции, что если они попытаются выступить против Японии, то он немедленно поможет ей и пойдет так далеко, как это потребуется. Данное заявление развеяло все сомнения мировой общественности относительно того, что без поддержки Англии и США Япония не решилась бы на войну с Россией.
Франция была очень недовольна этой войной. Россия интересовала Париж прежде всего как союзница против Берлина. В Германии левые силы были за Японию, правые – за Россию. Существенное значение в этот момент имело личное отношение германского императора к возникшему конфликту. Вильгельм Второй поддержал Россию. Китай же поспешно объявил нейтралитет, надеясь этим избежать репрессий победившей стороны.
7 февраля 1904 года главнокомандующим армией, действующей против Японии, был назначен военный министр генерал Куропаткин. Его помнили как начальника штаба у Скобелева, и это назначение вроде бы соответствовало настроению общества. Но Куропаткин не подходил на первую роль в действующей армии. Этот нерешительный, осторожный человек склонялся к тактике войны 1812 года, то есть постепенному отступлению в глубину Маньчжурии, до Харбина. Не такого командующего ждала дальневосточная армия. Но назначение состоялось.
Впрочем, оно уравновешивалось назначением командующим флотом вице-адмирала Степана Осиповича Макарова, одного из лучших русских моряков, пользовавшегося огромной популярностью от Атлантики до Тихого океана. Он сразу же выехал на Дальний Восток и 24 февраля уже был в Порт-Артуре.
Общее же руководство военными действиями оставалось за наместником Алексеевым. В случае разногласий между высшими инстанциями решающее слово принадлежало государю. В отношении флота двоевластие практически не проявлялось, но между Куропаткиным и Алексеевым не замедлил возникнуть конфликт, так как наместник придерживался иной, куда более активной и рискованной тактики действий, нежели командующий армией.
В течение первых двух с половиной месяцев войны боевые операции проводились почти исключительно вокруг Порт-Артура. Вражеские суда однажды показались у Владивостока. Русская крейсерская эскадра вышла оттуда и совершила набег на северное побережье Японии. Но это были единичные случаи.