Набросав план новой экспедиции, рассчитанной на 2 года, он прикинул оптимальную стоимость путешествия, а также состав экспедиции: командир, 2 офицера-помощника, 2 переводчика (одного с тюркского, другого с монгольского языков) 2 препаратора, 15 солдат и 7 казаков[339].
Также перелагалось увеличить число баз хранения реквизитов. Увеличение численности отряда он мотивировал выставлением охраны при созданных складах, для гарантии безопасности при движении в разбойничьих местностях и наконец, чтобы иметь возможность не особенно церемониться с противниками посещения отрядом Лхассы. Стоимость экспедиции предполагалось выйти на сумму 48520 рублей, не считая личного жалования.
Предоставив проект в ИРГО и в Военное министерство, он также просил ходатайствовать перед императором на командирование его в Тибет и 15 апреля 1888 года сразу же последовало Высочайшее утверждение данного проекта.
В состав экспедиции были включены: поручик Роборовский, подпоручик Козлов и 24 нижних чина солдат и казаков. Выделены прогонные деньги от Петербурга до Каракола, оружие и боеприпасы, научные инструменты. Общая сумма для обеспечения путешествия равнялась 80.335 кредитных рублей и по указанию императора выдана была золотом и серебром, а также «звонкой монетой».
Когда организация нового путешествия была обеспечена, Николай Михайлович вернулся в Слободу и с новой энергией принялся за свою работу. Уже в начале августа завершились к концу издание и вёрстка его книги, которая вышла под заглавием:
При подаче заявки на выдачу паспорта в Пекин, китайское правительство сначала решительно отказалось выдать паспорт для путешествия в Тибет, указывая на многочисленность конвоя, который предполагал с собою взять Николай Михайлович, к этому прибавляли и прежние отговорки: о невозможности обеспечить безопасность путешественников, о подозрительности тибетцев к иностранцам и т. п.
Действительной причиной отказа в паспорте было, нежелание допустить Пржевальского в Тибет, который китайцы особенно ревниво оберегали от влияния европейцев, а тем более от русских, авторитет которых в Тибете для китайского правительства казался особенно опасным. А после того, как Пржевальский, честно и без лести огласил на весь свет в своих сочинениях многие тёмные и слабые стороны китайской системы правления того времени, советники Богдохана сильно недолюбливали его, более чем кого-либо из учёных исследователей, поэтому не желали пустить экспедицию в столицу Далай-ламы.
Конкуренты-англичане по-прежнему негативно отнеслись к новому путешествию Пржевальского в Тибет. Встревоженные лондонские газеты разжигали политические страсти, связывая странное, по их мнению, совпадение этого путешествия с обострением отношений между Англией и Тибетом.